Jeśli płacą VAT co kwartał, podatek korygują w deklaracji składanej w kwietniu. Aby to zrobić, trzeba ustalić proporcję sprzedaży, czyli przyporządkować zakupy do czynności opodatkowanych i nieopodatkowanych. Rozliczanie podatku naliczonego sprawia wiele problemów szczególnie u tych podatników, którzy prowadzą działalność opodatkowaną (uprawniającą do odliczenia) oraz zwolnioną (bez możliwości odliczenia).
Powstają więc pytania, w jaki sposób przyporządkować podatek naliczony do czynności opodatkowanych lub zwolnionych, jak określić kwotę podatku naliczonego, który związany jest zarówno ze sprzedażą opodatkowaną, jak i zwolnioną, w jaki sposób wyliczyć kwotę współczynnika sprzedaży opodatkowanej do sprzedaży ogółem?
Zgodnie z ustawą o VAT podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o naliczony w zakresie, w jakim towary i usługi wykorzystywane są do wykonywania czynności opodatkowanych oraz czynności pozostających poza zakresem opodatkowania, które uprawniają do odliczenia (np. świadczenie usług finansowych wymienionych w art. 86 ust. 9 ustawy o VAT).
Odliczenie podatku naliczonego nie przysługuje w stosunku do czynności zwolnionych z opodatkowania lub pozostających poza zakresem opodatkowania bez prawa do odliczenia (np. świadczenie usług finansowych nieobjętych dyspozycją art. 86 ust. 9 ustawy o VAT).
W konsekwencji rozliczenie podatku naliczonego jest stosunkowo proste, jeżeli firma wykonuje wyłącznie czynności opodatkowane (uprawniające do odliczenia). Może wtedy odliczyć VAT w pełnej kwocie.