Niewykluczone, że i tym razem tak będzie. Winna całemu zamieszaniu jest nowelizacja ustawy o VAT.
Teraz przepisy ustawy mówią o możliwości odliczenia VAT błędnie wykazanego na fakturze wystawionej przez sprzedawcę, dokumentującej transakcję, która z tego podatku jest zwolniona lub w ogóle mu nie podlega. Warunkiem odliczenia, zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT, jest uregulowanie kwoty wynikającej z faktury. Przepis o tej treści obowiązuje od 1 czerwca 2005 r. Dzięki niemu w praktyce dostawca, mając wątpliwości, czy dana transakcja jest opodatkowana, wystawia fakturę z VAT, natomiast nabywca może odliczyć podatek naliczony, jeżeli kwota wynikająca z faktury będzie zapłacona (o ile towar lub usługa są związane z działalnością opodatkowaną nabywcy). Nie powoduje to uszczerbku dla Skarbu Państwa. Jeśliby bowiem uznać, że transakcja nie jest opodatkowana VAT, do Skarbu Państwa również nie trafiłby podatek.
Sytuacja zmieni się od 1 stycznia 2008 r. Zgodnie ze znowelizowanym art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy podatnicy stracą prawo do odliczenia VAT z faktur dokumentujących transakcje zwolnione lub niepodlegające temu podatkowi, i to bez względu na to, czy uregulowali należność, czy nie. Ministerstwo Finansów wyjaśnia, że zmianę wymusza na nas orzecznictwo Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, w myśl którego nie można odliczać VAT naliczonego błędnie od transakcji, które w rzeczywistości nie powinny być opodatkowane.
Pomijając to, czy argumentacja ta jest słuszna i czy rzeczywiście wprowadzona zmiana jest konieczna ze względu na przepisy prawa wspólnotowego, może mieć ona zupełnie inne konsekwencje.
Przypomnijmy: przepisem zakazującym odliczenia VAT wynikającego z faktur dokumentujących transakcje zwolnione lub niepodlegające zajmował się już Trybunał Konstytucyjny (wyrok z 21 czerwca 2004 r., SK 22/03). Postępowanie dotyczyło wtedy § 50 ust. 4 pkt 3 rozporządzenia z 22 grudnia 1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Choć przestał on obowiązywać 26 marca 2002 r., analogiczne rozwiązanie było powtarzane we wszystkich kolejnych rozporządzeniach, aż do 1 czerwca 2005 r.