Według Izby Skarbowej w Bydgoszczy korekta dotyczy też VAT odliczonego przy nakładach na ich ulepszenie, a nawet remonty. Takie stanowisko izba zajęła w interpretacji przepisów podatkowych z 26 października 2007 r. (ITPP1/443-166/ 07/MM), wydanej na wniosek podatnika.

Korekta dotycząca środków trwałych jest dokonywana w okresie 5-letnim lub 10-letnim (w wypadku nieruchomości). Za każdy rok, który pozostał od momentu oddania środka trwałego do użytkowania, do końca okresu korekty podatnik traci prawo do odliczenia odpowiednio 1/5 lub 1/10 VAT naliczonego. Korekta dotycząca innych zakupów jest jednorazowa. Następuje po zakończeniu roku, w którym podatnik poczynił te zakupy. Niestety, przepisy ustawy o VAT dotyczące korekt zostały wadliwie skonstruowane i podatnicy mają problem z właściwym odczytaniem ich treści.

Przypomnijmy, że organy podatkowe (w tym Ministerstwo Finansów w urzędowej interpretacji przepisów z 27 marca 2007 r., PT5-033-13/EK/2006/AP-7828/7789) wywodzą obowiązek takiej korekty przy aporcie z art. 91 ust. 7 ustawy o VAT.

Przepis ten mówi, że zasady korygowania, określone w ust. 1 – 5 art. 91 ustawy, stosuje się odpowiednio, gdy podatnik miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o całą kwotę podatku naliczonego od wykorzystywanego przez siebie towaru lub usługi i dokonał takiego obniżenia, albo nie miał takiego prawa, a następnie zmieniło się to prawo.

Izba stwierdziła, że wprawdzie art. 91 ustawy o VAT odnosi się zasadniczo do korekt podatku naliczonego u podatników, których zakupy służą zarówno czynnościom, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia podatku naliczonego, jak i innym czynnościom, jednak art. 91 ust. 7 ma szerszy zakres podmiotowy. Nakazuje bowiem odpowiednie stosowanie art. 91 ust. 1 – 5, m.in. w wypadku gdy podatnik miał prawo do odliczenia całości podatku naliczonego i dokonał tego odliczenia, a następnie prawo to utracił, jak w przypadku sprzedaży zwolnionej od podatku. A taką „sprzedażą zwolnioną” jest m.in. wniesienie aportu do spółki.

Uznała, że „wobec braku regulacji, która wprost dotyczyłaby kwestii korekty podatku naliczonego w związku z ulepszeniem środków trwałych (...) należy zastosować zasady wynikające z art. 91 ust. 1 i 2 ustawy o VAT. Ulepszenie środka trwałego należy zatem traktować dla celów tego podatku tak jak zakup odrębnego środka trwałego”. Przy czym obowiązek korekty odnosi się tylko do środków trwałych nabytych po 30 kwietnia 2004 r., czyli już pod rządami nowej ustawy o VAT. Dodała też, że w razie wniesienia przez podatnika środków trwałych w formie aportu do końca 2007 r. obowiązek korekty dotyczył będzie również podatku naliczonego związanego z ich remontami bieżącymi (dotyczy to kosztów poniesionych w 2007 r.). Izba nie wyjaśniła, jak taka korekta ma wyglądać, ale niewątpliwie chodzi tu o korektę jednorazową po zakończeniu roku.