Ewentualna nadwyżka wartości otrzymanego w ramach podziału przez wydzielenie majątku nad nominalną wartością udziałów (akcji) przyznanych udziałowcom (akcjonariuszom) spółki dzielonej nie jest dochodem dla spółki nowo zawiązanej (przejmującej), jeżeli nadzień podziału nie posiada ona żadnego udziału w kapitale zakładowym spółki dzielonej (art. 10 ust. 2 pkt 1 updop).
Podział przez wydzielenie będzie neutralny podatkowo dla spółki nowo zawiązanej (przejmującej) również wtedy, gdy jej minimalny udział w kapitale zakładowym spółki dzielonej wynosi 15 proc. kapitału (docelowo 10 proc. od 1 stycznia 2009 r.) bez przeliczania na prawa głosu (do 31 grudnia 2006 r. taki minimalny udział wynosił 25 proc. w przeliczeniu na prawa głosu).
Ponadto warunkiem zachowania neutralności podatkowej jest to, aby podział został dokonany z uzasadnionych przyczyn ekonomicznych (art. 10 ust. 4 updop). Spółka przejmująca powinna być zatem przygotowana na przedstawienie odpowiedniej argumentacji.
Ustawa o VAT nie odnosi się bezpośrednio do podziału spółki przez wydzielenie. W konsekwencji kwestia opodatkowania VAT tego typu przekształcenia wywołuje rozbieżności w praktyce władz skarbowych. Nie została również jednoznacznie rozstrzygnięta w wydanej ostatnio odpowiedzi ministra finansów na interpelację poselską w tej sprawie (zob. DF z 2 kwietnia br.).
Opierając się na ogólnej definicji zdarzeń podlegających opodatkowaniu, trudno uznać za takie podział przez wydzielenie. Przekształcenie to nie jest odpłatną dostawą towarów czy usług, bowiem spółka dzielona nie otrzymuje jakiegokolwiek świadczenia z tytułu przeniesienia części jej składników majątkowych dokonywanego w ramach podziału (przeniesienie majątku odbywa się z woli udziałowców spółki dzielonej).
Nie jest to również czynność o charakterze nieodpłatnym, opodatkowana na mocy art. 7 ust. 2 bądź art. 8 ust. 2 ustawy o VAT, jak to próbowały argumentować niektóre organy skarbowe. Przyjęcie takiego stanowiska skutkowałoby obowiązkiem zapłaty VAT od wydzielanego majątku, który obciążałby spółkę dzieloną (w zakresie, w jakim spółka ta nie miała prawa do odliczenia VAT naliczonego przy nabyciu wydzielonych składników majątku) bez możliwości jego odliczenia przez nabywcę. Taka interpretacja naruszałaby zatem zasadę neutralności podatku VAT. Zgodnie z wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z 6 lutego 2007r. (I SA/ Gd 915/06) transfer składników majątkowych stanowiących ZCP dokonywany w ramach podziału przez wydzielenie nie podlega VAT jako czynność nieodpłatna.