Choć odsetki za zwłokę od zaległości podatkowych są powszechną formą rekompensaty dla organów podatkowych, niekoniecznie organy te stosują się do przepisów art. 78 i art. 78a ordynacji podatkowej (dalej: o.p.) dotyczących oprocentowania nadpłaty podatku.
Czytaj także: Jak uzyskać odsetki od nadpłaconego podatku
Nadpłata podatku powstaje zasadniczo z dniem zapłaty lub złożenia przez podatnika zeznania podatkowego (deklaracji podatkowej). To nic innego zatem jak podatek zapłacony nienależnie lub w wysokości wyższej od należnej, tzw. nadpłacony, od którego organ podatkowy powinien obliczyć i wypłacić podatnikowi odsetki w wysokości równej wysokości odsetek od zaległości podatkowych.
Z reguły odsetki z tytułu nadpłaty przysługują do dnia zwrotu nadpłaty, zaliczenia jej na poczet zaległych lub bieżących zobowiązań podatkowych lub dnia złożenia wniosku o zaliczenie nadpłaty na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Wyjątek stanowią nadpłaty, których wysokość nie przekracza dwukrotności kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym (obecnie koszty te odpowiadają kwocie 23,20 zł), a podatnik nie wskazał numeru rachunku bankowego, na który ma zostać zwrócona kwota nadpłaty.
Zwrot nadpłaty podatku może być wynikiem określenia jej przez organ podatkowy lub wymagać złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem (deklaracją) przez podatnika. W zależności od rodzaju podatku, którego dotyczy nadpłata, okoliczności jej powstania i zasad zwrotu (z urzędu lub na wniosek), o.p. w art. 77 ust. 1 przewiduje różne terminy, w jakich zwrot powinien zostać dokonany. W konsekwencji okres, za jaki przysługują odsetki od nadpłaty podatku jest liczony w sposób niejednolity.