Praktyka stosowania tzw. odwróconego obciążenia VAT na usługi budowlane okazuje się bardziej skomplikowana, niż przewidzieli twórcy tego rozwiązania. Podwykonawcy muszą czekać na zwrot podatku, a wszyscy uczestnicy budowy zmagają się z trudnościami interpretacyjnymi. Nie zawsze bowiem da się jednoznacznie zakwalifikować daną usługę jako podlegającą temu reżimowi.
Sprawom tym poświęcili konferencję eksperci podatkowi z firmy Grant Thornton. Wskazali, że ostatnie pół roku obowiązywania tego reżimu przyniosło sporo osobliwych sytuacji. Kłopoty powoduje na przykład tak typowa, jak się wydaje, usługa wynajmu rusztowań wraz z ich montażem. Okazuje się bowiem, że Polska Klasyfikacja Wyrobów i Usług, do której odnoszą się przepisy o VAT, przewiduje jedynie montowanie oraz demontowanie rusztowań. Dlatego niektórzy podwykonawcy wystawiają za takie usługi zwykłe faktury, a inni bez podatku (tj. według systemu odwróconego obciążenia). Podatnikom nie pomagają opinie klasyfikacyjne z Głównego Urzędu Statystycznego, które zresztą się zmieniają.