We wrześniu 2012 r. uczelnia przystąpiła do konkursu na dofinansowanie nowego projektu w ramach programu operacyjnego „Innowacyjna gospodarka". Z regulaminu konkursu wynikało, że beneficjentem dofinansowania może być publiczna organizacja badawcza działająca na rzecz i w imieniu konsorcjanta biznesowego będącego przedsiębiorcą prowadzącym działalność gospodarczą. Konsorcjant biznesowy zobowiązany jest wnieść do projektu wkład finansowy (w wysokości co najmniej różnicy pomiędzy całkowitą wartością kosztów kwalifikowanych a kwotą udzielonej pomocy publicznej) oraz wdrożyć wyniki projektu do własnej działalności gospodarczej (jest to warunek dofinansowania). Zgodnie z warunkami konkursu za wdrożenie wyników badań nie uznaje się sprzedaży tych wyników w celu wprowadzenia ich do działalności gospodarczej innego przedsiębiorcy.
Udział uczelni w realizacji projektu ma charakter niezależnej działalności badawczo-rozwojowej, mającej na celu powiększenie zasobów wiedzy. Pozostanie jej jedynie prawo do publikowania wyników projektu w zakresie odnoszącym się do przeprowadzonych badań, z zastrzeżeniem informacji stanowiących tajemnicę przedsiębiorcy. Zachowa ona także prawo do wykorzystania wiedzy zdobytej w ramach projektu do niezależnej działalności badawczo-rozwojowej.
We wniosku o interpretację uczelnia zauważyła, że w związku z realizacją projektu poniesie m.in. koszty VAT. Mogą one zostać uznane za kwalifikujące się do dofinansowania, jeśli podatek ten nie podlega zwrotowi lub odliczeniu przez wnioskodawcę zgodnie z właściwymi przepisami. Dlatego jako beneficjent projektu zapytała, czy będzie jej przysługiwało prawo do odliczenia VAT od wydatków związanych z pracami naukowymi. Sama uważała, że nie. Nabyte towary i usługi nie zostaną bowiem wykorzystane do wykonywania czynności opodatkowanych.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. Jego zdaniem otrzymane przez wnioskodawcę od konsorcjanta biznesowego dofinansowanie należy kwalifikować w rozumieniu ustawy o VAT jako wynagrodzenie za świadczenie usług. W opinii urzędników ma ono polegać na przeniesieniu na rzecz konsorcjanta biznesowego 100 proc. praw do wyników uzyskanych w toku przeprowadzonych przez ten podmiot badań przemysłowych lub prac rozwojowych. W rezultacie wzajemne rozliczenia pomiędzy uczelnią a konsorcjantem biznesowym są czynnościami opodatkowanymi 23-proc. stawką VAT. Tym samym uczelni przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych z realizacją rzeczonego projektu.
Uczelnia zaskarżyła interpretację i wygrała. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zauważył, że umowa, której dotyczy spór w sprawie, nie jest znana w polskim prawie cywilnym lub podatkowym. Zawieranie takich umów jest dopuszczalne z uwagi na wynikające z kodeksu cywilnego prawo stron do ułożenia stosunku prawnego według swego uznania. Z tym zastrzeżeniem, że treść lub cel tego stosunku prawnego nie może się sprzeciwiać właściwości (naturze) stosunku, ustawie ani zasadom współżycia społecznego. Tego rodzaju umowy zawierane są w celu realizacji wspólnego przedsięwzięcia. W wyniku zawarcia umowy nie powstaje nowy samodzielny podmiot gospodarczy, ale istniejące samodzielne podmioty zawierają porozumienie umożliwiające osiągnięcie wspólnego celu gospodarczego. Podmioty działające w ramach konsorcjum zachowują zatem swoją odrębność i niezależność w działaniach nieobjętych umową.
