Naczelny Sąd Administracyjny ostatecznie przeciął spór w sprawie obowiązków syndyków. Uznał, że nie muszą oni korygować VAT w razie nieuregulowania należności w terminie 150 dni od dnia upływu terminu jej płatności (tzw. ulga na złe długi).
Kłopoty syndyków zaczęły się z początkiem 2013 r. Wtedy weszły w życie zmienione przepisy ustawy o VAT dotyczące ulgi na złe długi. Pojawiło się pytanie, co z obowiązkami syndyków związanymi z korektą VAT od nieuregulowanych należności.
We wnioskach o interpretacje, które stały się kanwą sporu w sprawach rozstrzygniętych przez NSA, pytano, czy syndyk jest zobowiązany do dokonania korekty VAT w trybie art. 89b ust. 1 ustawy o VAT. Chodziło o korekty za okres, w którym upłynął 150. dzień od płatności, jeżeli wierzytelności powstały przed datą ogłoszenia upadłości, a uprawdopodobnienie ich nieściągalności następuje po 31 grudnia 2012 r.
Fiskus nie miał wątpliwości, że tak. Tłumaczył, że dłużnik w razie upływu 150 dni od terminu zapłaty za fakturę jest zobowiązany do korekty podatku naliczonego. Nie ma znaczenia, czy jego wierzyciel skorzysta z ulgi na złe długi, czy nie. Zasada ta dotyczy też syndyków działających na rzecz upadłego dłużnika.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie nie podzielił tego stanowiska. Jego zdaniem wykładnia systemowa i celowościowa sprzeciwia się nałożeniu na dłużnika pozostającego w upadłości obowiązku korekty z art. 89b ust. 1 ustawy o VAT, jeżeli w dniu korekty postępowanie upadłościowe już się toczyło.