Wątpliwości na gruncie obowiązujących przepisów może budzić to, kiedy odliczyć stratę: czy powinna być ona rozliczana przy obliczaniu zaliczek miesięcznych, czyli ?w trakcie roku podatkowego, czy też rozliczenie powinno nastąpić wraz z rozliczeniem całego kolejnego roku podatkowego.
Wobec braku odmiennej regulacji należy uznać, że podatnik ma prawo wyboru momentu rozliczenia straty. Sam zatem decyduje, czy dokonuje takiego odliczenia ?w trakcie roku podatkowego, czy też dopiero po jego zakończeniu.
Praktyka ta została potwierdzona w piśmie Ministerstwa Finansów z 22 września 2000 r. (PB3-570-IP-722 -86/2000), gdzie wprost skazano, że „obecnie przepisy ustawy nie regulują w sposób szczególny tej kwestii, zatem decyzję w tym względzie podejmuje podatnik. I tak, jeżeli dochód uzyskany w pierwszym miesiącu roku podatkowego po roku, w którym poniesiono stratę, pozwala na odliczenie 50 proc. kwoty tej straty, podatnik może podjąć decyzję o odliczeniu straty już przy pierwszej zaliczce".
Należy jednak zwrócić uwagę, że podatnik decydując się na rozliczenie straty już przy obliczaniu zaliczek miesięcznych powinien się liczyć z koniecznością zwrotu potrąconych kwot, jeżeli okaże się że dany rok nie zakończył się osiągnięciem dochodu, od którego można taką stratę odliczyć.
Przykład
W 2012 roku spółka B poniosła stratę w wysokości 2 000 000 zł. W 2013 r. spółka może odliczyć maksymalnie 50 proc. straty, czyli 1 000 000 zł. Na początku 2013 r. ze względu na korzystną sytuację na rynku i zwiększenie zapotrzebowania na produkty spółki osiągnęła ona wysokie dochody ze sprzedaży. W styczniu spółka wypracowała 840 000 zł dochodu i nie wykazała w ogóle dochodu do opodatkowania, rozliczając uzyskany dochód ze stratą z poprzedniego roku. ?W lutym spółka osiągnęła dochód w wysokości 760 000 zł, ale ze względu na ograniczenia może odliczyć jedynie 160 000 zł.
—Joanna Litwińska, konsultant podatkowy ?w ECDDP Spółka Doradztwa Podatkowego