Trudno znaleźć podatnika VAT, który nie spotkał się z koniecznością wystawienia faktury korygującej. Sposób udokumentowania zdarzenia będącego podstawą korekty nie budzi większych wątpliwości. Dla wielu podatników niejasna jest jednak kwestia okresu, w którym faktura korygująca powinna zostać rozliczona.

Rozliczenie wystawionej faktury korygującej jest uzależnione od charakteru korekty. Odmienne reguły mają zastosowanie w przypadku faktury korygującej dokumentującej zmniejszenie podstawy opodatkowania czy też podatku należnego (np. z tytułu zwrotu towaru), inne zaś w przypadku faktury dokumentującej ich zwiększenie.

Gdy podstawa opodatkowania zmniejszyła się w stosunku do podstawy z faktury pierwotnej, podatnik uwzględnia korektę pod warunkiem posiadania potwierdzenia otrzymania faktury korygującej przez nabywcę przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, w którym nabywca otrzymał tę korektę (art. 29 ust. 4a ustawy o VAT). Uzyskanie takiego potwierdzenia w terminie późniejszym uprawnia podatnika do uwzględnienia korekty w okresie, w którym uzyskał to potwierdzenie. Zasada ta dotyczy również korekt wynikających ze stwierdzonej pomyłki w kwocie podatku na fakturze i wystawienia korekty do faktury, w której wykazano kwotę podatku wyższą niż należna. Rozwiązanie to będzie aktualne także po 1 stycznia 2014 r. W przypadku obniżenia podstawy opodatkowania wynikającej z przyczyn szczegółowo wymienionych w nowym art. 29a ust. 10 i 14 ustawy o VAT (tj. m.in. udzielonych po dokonaniu sprzedaży upustów i obniżek cen, a także zwrotu nabywcy zapłaty otrzymanej przed dokonaniem sprzedaży, która nie wystąpiła, bądź stwierdzenia pomyłki w kwocie podatku wykazanej na fakturze i wystawienia do tej faktury korekty, w której wykazano kwotę podatku niższą od pierwotnej) obniżenie podstawy opodatkowania lub kwoty podatku należnego będzie możliwe pod warunkiem posiadania potwierdzenia otrzymania faktury korygującej przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, w którym nabywca otrzymał tę fakturę korygującą. Jeżeli natomiast podatnik nie będzie przed tym dniem posiadał potwierdzenia, to – podobnie jak obecnie – zmniejszenie podstawy opodatkowania będzie możliwe dopiero w okresie, w którym je uzyska.

Warunku posiadania potwierdzenia odbioru faktury korygującej nie stosuje się w przypadkach wymienionych w art. 29 ust. 4b ustawy o VAT (w roku 2014 – w przypadkach wskazanych w art. 29a ust. 15). Przykładowo, jeżeli faktura korygująca dokumentuje zwrot towarów w eksporcie, to powinna zostać rozliczona na bieżąco.

Inaczej jest w przypadku korekty zwiększającej podstawę opodatkowania lub wartość podatku należnego. Kluczowe znaczenie mają tu przyczyny korekty. Jeżeli wynikają one z błędnie wystawionej faktury pierwotnej lub innych przyczyn, które istniały w chwili jej wystawienia, to korektę należy rozliczyć wstecznie, tj. w okresie, w którym zgodnie z obowiązującymi przepisami powinna zostać rozpoznana faktura pierwotna. Jeżeli natomiast przyczyną wystawienia faktury korygującej jest zdarzenie nieistniejące w chwili dokonania sprzedaży, to korekta taka powinna zostać rozliczona w bieżącym okresie rozliczeniowym.

Pogląd ten potwierdza m.in. WSA w Poznaniu w wyroku z 12 października 2011 r. (I SA/Po 606/11) i WSA w Warszawie w wyroku z 17 grudnia 2012 r. (III SA 1634/12).

Autor jest doradcą podatkowym