Tak orzekł NSA w wyroku z 27 sierpnia 2013 r. (II FSK 2462/11).
Spółka prowadzi działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (dalej: SSE) na podstawie zezwolenia obejmującego działalność produkcyjną, handlową i usługową dotyczącą określonych pozycji PKWiU wskazanych w zezwoleniu. W związku z rozbudową zakładu jest zobowiązana do poniesienia na terenie strefy wydatków inwestycyjnych. Oprócz nakładów na hale produkcyjne spółka zamierza także wybudować centrum szkolenia zawodowego dla pracowników oraz przyzakładową stołówkę. We wniosku o interpretację zadała pytanie, czy wydatki poniesione na budowę wskazanych obiektów będą mogły zostać zaliczone do kosztów inwestycji, które kwalifikują się do objęcia pomocą publiczną w formie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na mocy art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT. Zdaniem spółki wydatki należy zaliczyć do kosztów kwalifikowanych, gdyż wybudowane obiekty będą pozostawać w funkcjonalnym i lokalizacyjnym związku z działalnością prowadzoną przez nią na terenie SSE na podstawie zezwolenia.
Organ podatkowy wskazał natomiast, że przepisy dotyczące zwolnień podatkowych muszą być interpretowane ściśle. Jeżeli dany rodzaj działalności nie jest wymieniony w zezwoleniu, to pochodzący z niej dochód nie podlega zwolnieniu.
Spółka wniosła na interpretację skargę do WSA, który przychylił się do jej stanowiska (I SA/Łd 522/11). W związku z tym organ wniósł skargę kasacyjną. Na jej skutek NSA uchylił wyrok. Wskazał, że w przedmiotowej sprawie zezwolenie na prowadzenie działalności na terenie SSE nie obejmuje usług gastronomicznych czy szkoleniowych, co uniemożliwia zaliczenie spornych wydatków do kosztów kwalifikowanych. Sąd podkreślił, że budowa centrum szkoleniowego i stołówki niewątpliwie ma charakter racjonalny z gospodarczego punktu widzenia. Byłoby to jednak istotne, gdyby sprawa dotyczyła ogólnego rozliczenia w rachunku kosztów podatkowych, a nie możliwości zaliczenia wydatków do kosztów kwalifikowanych, które warunkują uzyskanie zwolnienia podatkowego, będącego odrębną i szczególną instytucją prawną.
—Karolina Płocha, współpracowniczka Zespołu Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte