Jedną z podstawowych zasad VAT jest prawo do pomniejszenia podatku należnego o naliczony. Podatnik może więc odliczyć VAT z faktur zakupu w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Jeżeli zakup związany jest tylko ze sprzedażą opodatkowaną, to podatnik ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości. Jeśli natomiast związany jest z wykonywaniem czynności zwolnionych z VAT, to uprawnienie to nie przysługuje w ogóle.
Marża to różnica między całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia, pomniejszoną o podatek
Istnieją jednak wydatki (np. z tytułu usług księgowych, sprzątania, energii), których nie sposób jednoznacznie i bezpośrednio, w całości lub częściowo, przyporządkować do jednego z dwóch rodzajów czynności. W celu realizacji wskazanej wcześniej zasady potrzebny jest zatem mechanizm umożliwiający właściwy podział i odliczenie podatku naliczonego związanego z takimi wydatkami. W tym celu wprowadzono do ustawy o VAT możliwość proporcjonalnego odliczania VAT, który co do zasady pozwala na odliczenie takiej części podatku naliczonego wynikającego z zakupów związanych z czynnościami opodatkowanymi i zwolnionymi, w jakiej pozostaje sprzedaż opodatkowana do całości sprzedaży podatnika. Zatem dla przykładu, jeżeli połowa sprzedaży podatnika jest opodatkowana, a połowa zwolniona, może on odliczyć jedynie połowę VAT naliczonego z zakupów, których nie można jednoznacznie przyporządkować do jednego z wymienionych rodzajów sprzedaży.
Szczególne zasady
Zgodnie z art. 120 ust. 4 ustawy o VAT w przypadku podatnika wykonującego czynności polegające na dostawie m.in. towarów używanych >patrz ramka podstawą opodatkowania jest marża stanowiąca różnicę między całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia, pomniejszona o kwotę podatku.
Przedstawiona w ramce na stronie obok definicja towaru używanego różni się od podstawowej definicji towaru używanego zawartej w art. 43 ustawy o VAT. Uregulowano w nim, że w przypadku ruchomości, których okres używania przez podatnika dokonującego ich dostawy wyniósł co najmniej pół roku po nabyciu prawa do rozporządzania tymi towarami jak właściciel, ich sprzedaż jest zwolniona z opodatkowania. I właśnie warunek półrocznego używania jest przyczyną wprowadzenia opodatkowania w systemie marży, gdyż podatnicy handlujący towarami używanymi, których zakup zwykle nie jest udokumentowany fakturą VAT, ewentualnie jest zwolniony, przy wcześniejszej sprzedaży byliby zobowiązani do opodatkowania całego obrotu, co zwykle wykluczałoby ekonomiczny sens całej operacji. Taka sytuacja ma często miejsce w lombardach lub komisach samochodowych.