Jak wynika z art. 25 ust. 7 pkt 2 ustawy o CIT, podatnicy, którzy wybrali formę wpłacania zaliczek na zasadach określonych w ust. 6 i 6a tego artykułu, są obowiązani stosować tę formę wpłacania zaliczek w całym roku podatkowym. Z treści tego przepisu można wywnioskować, że podmiot, który nabył prawo do opłacania zaliczek na podatek dochodowy w uproszczonej formie, opłaca je w tej wysokości do końca roku podatkowego, niezależnie od zdarzeń gospodarczych, jakie w tym czasie miały miejsce.
Co za tym idzie, jeśli podmiot przejmujący przed połączeniem stosował zaliczki uproszczone, to po połączeniu powinien opłacać zaliczki w uproszczonej formie w wysokości, w jakiej były one opłacane przed połączeniem. W konsekwencji nie ma możliwości, by podmiot przejmujący uwzględniał w jakikolwiek sposób zaliczki spółek przejmowanych.
Należy jednak pamiętać o innych konsekwencjach przejęcia dla spółki przejmującej. Otóż skutki przejęcia będą dla niej inne w przypadku, gdy w wyniku połączenia spółka przejmowana zamyka księgi rachunkowe, i inne w sytuacji, kiedy tego nie robi.
Gdy spółka przejmowana kończy rok podatkowy (tj. zamyka księgi zgodnie z przepisami ustawy o rachunkowości), powstaje obowiązek złożenia zeznania o wysokości dochodu osiągniętego w roku podatkowym i zapłaty wynikającego z niego podatku (art. 27 ust. 1 ustawy o CIT). Obowiązek ten będzie spoczywać na spółce przejmującej (art. 93 § 2 ordynacji podatkowej). W przypadku zaś, gdy nie nastąpi koniec roku podatkowego dla podmiotów przejmowanych, obowiązki spółki przejmującej będą inne. Spółka taka nie ma wówczas obowiązku rozliczania spółek przejmowanych na dzień połączenia, gdyż dla tych spółek rok podatkowy jeszcze się nie zakończył.
