W deklaracji VAT-7 za sierpień 2012 r. spółka zawarła wniosek o zwrot wykazanej w niej nadwyżki VAT w terminie 25 dni. Chodziło o prawie 950 tys. zł. Podatniczka oświadczyła, że kwoty podatku naliczonego zostały w całości uregulowane.
Fiskus postanowił prześwietlić zwrot. Okazało się, że nadwyżka wynikała z faktury za sprzedaż działki. Transakcja była obwarowana warunkiem, że inna firma nie wykona prawa pierwokupu. Część ceny została zapłacona, a 5 mln zł na poczet ceny zostało przelane na rachunek depozytowy notariusza. Pieniądze te pochodziły z pożyczki.
Urzędnicy uznali, że spółka nie spełniła warunku do dokonania zwrotu nadwyżki w terminie 25 dni. Chodziło o to, że zdaniem fiskusa zapłaty nie dokonano za pośrednictwem rachunku bankowego należącego do podatnika.
W skardze do sądu administracyjnego podatniczka przekonywała, że zapłata za transakcję za pośrednictwem notariusza (jego konta depozytowego) nie miała wpływu na przyspieszony zwrot. W jej ocenie należności mogą być zapłacone w każdy przewidziany prawem sposób, np. przez faktora czy w formie kompensaty.
WSA w Gdańsku oddalił jednak jej skargę. Zgodził się z fiskusem, że jeżeli płatność nie nastąpiła z rachunku przedsiębiorcy, to nie może on się ubiegać o przyspieszony zwrot nadwyżki podatku naliczonego.