Tak orzekł NSA w wyroku z 26 kwietnia 2013 r. (II FSK 1770/11).
Spółka z o.o. wystąpiła z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej. Wskazała, że utworzyła w ramach spółki Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej (dalej: NZOZ). Powstały NZOZ jest wyodrębnioną pod względem prawnym, organizacyjnym, funkcjonalnym oraz finansowo-księgowym jednostką organizacyjną spółki. Co więcej, posiada własną, odmienną od spółki nazwę i szczególny zakres działania. We wniosku spółka wskazała również, że osiągane w przyszłości dochody NZOZ-u będą przeznaczane wyłącznie na realizację jego celów statutowych.
W związku z tym spółka zadała pytanie, czy takie wyodrębnienie pozwala na uznanie NZOZ-u za odrębnego od spółki podatnika CIT oraz na zastosowanie zwolnienia w CIT do jego dochodów. Zdaniem spółki powstały zakład spełnia wszelkie przesłanki do zakwalifikowania go jako jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, co zgodnie z art. 1 ust. 2 ustawy o CIT kwalifikuje go jako podatnika. Ze względu na to oraz na cel działania NZOZ-u i sposób przeznaczenia uzyskanych z działalności środków zakład ma prawo zastosować zwolnienie określone w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.
Organ podatkowy w wydanej interpretacji (ILPB3/423-695/10-2/GC) uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe. Uznał bowiem, że NZOZ jest tylko wyodrębnioną organizacyjnie formą działalności spółki. NZOZ nie jest zatem podatnikiem CIT i nie może korzystać ze zwolnienia w tym podatku. W konsekwencji dochody uzyskiwane przez tę jednostkę będą opodatkowane jako dochody spółki, która ją utworzyła. Spółka wniosła skargę do sądu.
WSA w wyroku (I SA/Po 165/11)
uchylił zaskarżoną interpretację. Podał, że stan faktyczny pozwala na uznanie NZOZ-u za odrębnego podatnika CIT oraz potwierdza jego prawo do skorzystania ze zwolnienia podatkowego. Fiskus wniósł skargę kasacyjną, podtrzymując swoje stanowisko o braku podmiotowości podatkowej NZOZ-u.
NSA oddalił skargę organu, wskazując m.in. na zgodność wcześniejszego wyroku WSA z utrwaloną już na poziomie wojewódzkich sądów administracyjnych linią orzeczniczą (np. wyrok WSA w Łodzi z 5 września 2012 r., I Sa/Łd 787/12), a także z wcześniejszymi rozstrzygnięciami NSA (np. wyrok z 8 października 2008 r., II FSK 978/07).
—Andrzej Wapowski współpracownik Zespołu Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte

Mariusz Wachala konsultant w Zespole Doradztwa dla Sektora Farmaceutycznego i Ochrony Zdrowia firmy Deloitte (biuro w Warszawie)
Mariusz Wachala konsultant w Zespole Doradztwa dla Sektora Farmaceutycznego i Ochrony Zdrowia firmy Deloitte (biuro w Warszawie)
Rozpatrywana sprawa była już przedmiotem wielu interpretacji organów podatkowych, jak również orzeczeń wydawanych przez sądy administracyjne (zarówno WSA, jak i NSA).
Linia interpretacyjna fiskusa jest w omawianym zakresie zazwyczaj negatywna, podczas gdy na poziomie wojewódzkich sądów administracyjnych istnieje ugruntowana linia orzecznicza korzystna dla podatników CIT (potwierdzana dodatkowo przez NSA).
Istota sporu sprowadza się najczęściej do istnienia podmiotowości podatkowej NZOZ (niezależnej i odrębnej od podmiotowości podatkowej spółki, która utworzyła NZOZ) przed wejściem w życie ustawy z 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej.
Kwestia ta jest o tyle istotna, że podmiotowość podatkowa NZOZ nie została wprost uregulowana w żadnym akcie prawym. W przypadku potwierdzenia autonomii podatkowej zakładu opieki zdrowotnej spółka, która wyłoniła NZOZ i odprowadzała CIT w przeszłości, może mieć prawo m.in. do złożenia wniosku o stwierdzenie jego nadpłaty oraz w konsekwencji może mieć możliwość uzyskania jego zwrotu.
W ślad za poglądem prezentowanym przez kolejne składy orzekające sądów administracyjnych należy bowiem podkreślić, że NZOZ (klasyfikowany w takim przypadku jako jednostka organizacyjna nieposiadająca osobowości prawnej) może – na określonych warunkach – zastosować zwolnienie z CIT dla dochodu przeznaczonego na cele statutowe w zakresie ochrony zdrowia.
Omawiany wyrok wpisuje się w praktykę sądów administracyjnych, przyznającą NZOZ podmiotowość podatkową (jako jednostce organizacyjnej niemającej osobowości prawnej) głównie ze względu na dostateczne wyodrębnienie majątkowe i organizacyjne zakładu, które pozwala mu na samodzielne (w stosunku do spółki) prowadzenie działalności w zakresie ochrony zdrowia.
O tym wyodrębnieniu decydowały nie tylko rejestracja w osobnym rejestrze (tj. zakładów opieki zdrowotnej), ale także m.in. fakt posiadania własnej struktury organizacyjnej, działanie za pośrednictwem organów, posiadanie wyodrębnionego majątku.W związku z tym istnienie zwolnienia z CIT dochodów osiąganych przez NZOZ mogło być narzędziem optymalizacji podatkowej.
Niezależnie od tego należy podkreślić, że sprawa ta była rozpatrywana w odniesieniu do NZOZ powołanego do życia na podstawie ustawy o ZOZ, która 1 lipca 2011 r. została zastąpiona ustawą o działalności leczniczej. Ta ostatnia wprowadziła nową kategorię tzw. podmiotów leczniczych, a także przewiduje, że NZOZ-y stają się przedsiębiorstwami podmiotów leczniczych.
Nadal jednak nie określono wprost odrębnej od podmiotu leczniczego podmiotowości podatkowej przedsiębiorstwa podmiotu leczniczego. Kwestia ta nadal więc musi być przedmiotem interpretacji podatkowych oraz orzeczeń sądowoadministracyjnych. Wobec tego wiele podmiotów z niecierpliwością może czekać na orzecznictwo odnoszące się do omawianej sprawy, ale związane z aktualnymi przepisami regulującymi kwestię prowadzenia działalności leczniczej.