Zgodnie z art. 193 § 1 ordynacji podatkowej (dalej: o.p.) księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów, przy czym księgi te uważa się za rzetelne, jeżeli dokonywane w nich zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty.

Z kolei za niewadliwe uważa się księgi podatkowe prowadzone zgodnie z zasadami wynikającymi z odrębnych przepisów. Organ podatkowy uznaje jednak za dowód księgi podatkowe, które prowadzone są w sposób wadliwy, jeśli wady nie mają istotnego znaczenia dla sprawy. Jest to istotne, gdyż ksiąg podatkowych, które są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy, organ podatkowy nie może uznać za dowód.

W przypadku stwierdzenia przez organ podatkowy, że księgi podatkowe są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy, w protokole badania ksiąg organ powinien określić za jaki okres i w jakiej części nie uznaje ksiąg za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. Protokół ten zawiera zatem dane ujawnione w toku badania ksiąg podatkowych i zawiera określone twierdzenia co do odrzucenia mocy dowodowej tych ksiąg (wyrok WSA w Lublinie z 18 maja 204 r., I SA/Lu 53/04).

Odpis takiego protokołu organ podatkowy ma obowiązek doręczyć stronie – podatnikowi, któremu badano księgi. W takiej sytuacji podatnik może wnieść zastrzeżenia do zawartych w nim ustaleń, przedstawiając jednocześnie dowody, które umożliwią organowi podatkowemu prawidłowe określenie podstawy opodatkowania. Jednakże jest to ograniczone czasowo, ponieważ zastrzeżenia takie należy wnieść w terminie 14 dni od dnia doręczenia protokołu.

14 dni

Tyle czasu ma podatnik na złożenie zastrzeżeń do protokołu badania ksiąg podatkowych

Protokół z badania ksiąg zawiera ocenę ich mocy dowodowej według kryteriów rzetelności i wadliwości, a tym samym umożliwia podatnikowi podjęcie inicjatywy dowodowej (wyrok WSA w Krakowie z 12 października 2010 r., I SA/Kr 421/10).

W przypadku przekroczenia wspomnianego terminu podatnik może złożyć wniosek o przywrócenie terminu do wniesienia zastrzeżeń do protokołu badania ksiąg podatkowych. Jednak, zgodnie z art. 162 § 1 o.p., w razie uchybienia terminu należy złożyć wniosek o przywrócenie uchybionego terminu z jednoczesnym uprawdopodobnieniem, że to uchybienie nastąpiło bez winy podatnika.

W takim przypadku podanie - wniosek o przywrócenie terminu należy wnieść do organu podatkowego w ciągu siedmiu dni od dnia ustania przyczyny uchybienia terminowi.

Jednocześnie z wniesieniem takiego wniosku należy dopełnić czynności, dla której był określony termin. Wraz z wnioskiem o przywrócenie terminu należy zatem wnieść (złożyć) zastrzeżenia do protokołu badania ksiąg podatkowych.

Protokół badania ksiąg jest swoistym aktem administracyjnym, którego sporządzanie, a później i kwestionowanie, powinno odbywać się w zgodzie z procedurą wskazaną w art. 193 o.p. Dopiero wykorzystanie tego trybu postępowania daje podstawę do skutecznego kwestionowania ksiąg w określonym zakresie na dalszym etapie postępowania podatkowego (wyrok WSA w Warszawie z 17 listopada 2011 r., I FSK 26/11).