Firma, która oferuje swoim pracownikom bezpłatne szczepienie, powinna co do zasady doliczyć jego wartość do wynagrodzenia pracownika i odprowadzić od tego zaliczkę na podatek dochodowy. Umowy z podmiotem wykonującym szczepienia przewidują zwykle cenę pojedynczej szczepionki (np. 50 zł) i liczbę objętych tym działaniem pracowników. Załóżmy, że pracownik zarabia 3000 zł brutto. Jeśli zaszczepił się w październiku, to pracodawca odprowadza za październik zaliczkę od 3050 zł.
Pewne wątpliwości pojawiają się w sytuacji, gdy w umowa jest tak skonstruowana, że przewiduje jedynie zryczałtowaną opłatę za szczepienie, bez wartości pojedynczego zastrzyku. Cena nie zależy więc od faktycznej liczby osób, które się mu poddały. Szczepienia przeciw grypie są też niejednokrotnie zawarte w oferowanym przez pracodawcę pakiecie medycznym. W takim przypadku pracodawca nie ma możliwości dokładnego przypisania wartości szczepionki do przychodu zatrudnionej osoby.
Rozwiązania tego problemu nie ułatwia fakt, że opodatkowanie pakietów medycznych oferowanych przez pracodawcę jest rozbieżnie interpretowane przez sądy. W ostatnim czasie [b]Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie [/b]wydał dwa przeciwstawne wyroki w tej sprawie. W sierpniu tego roku sąd stwierdził, że pracownik nie musi płacić podatku od pakietów medycznych udostępnionych jemu i jego rodzinie przez pracodawcę [b](sygn. akt III SA/Wa 625/08)[/b].
Argumentowano, że samo postawienie do dyspozycji pracownika nieodpłatnych świadczeń nie jest opodatkowane, nie został więc spełniony warunek otrzymania świadczenia.
Jednak w innym wydanym kilka tygodni później wyroku sąd wskazał, że prawo pracownika do korzystania z bezpłatnej opieki medycznej stanowi dla niego nieodpłatne świadczenie, które powinno być opodatkowane [b](sygn. akt III SA/Wa 1356/08)[/b].
Dobra wiadomość dla firm jest taka, że mogą one zaliczyć wydatek na szczepienia pracowników do kosztów uzyskania przychodu. Organy podatkowe uznają zwykle argumentację przedsiębiorców, że jest to wydatek w celu zabezpieczenia źródła przychodów. Chodzi m.in. o przeciwdziałanie nieobecności w pracy z powodu choroby.