Tak uznał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 4 września 2008 r. (I FSK 1009/07).
Spółka przyjęła do rozliczenia faktury VAT wystawione przez niezarejestrowanego podatnika. Kontrahent spółki stwierdził, że uiścił opłatę rejestracyjną i złożył dokument VAT-R. Jednak organ podatkowy, powołując się na treść § 48 ust. 4 pkt 1 lit. a rozporządzenia ministra finansów w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o VAT z 1993 r., uznał, że spółka nie miała prawa do rozliczenia VAT. Fakturę bowiem wystawił podmiot niezarejestrowany, a to jest równoznaczne z wystawieniem jej przez podmiot nieuprawniony.
Spółka wniosła skargę do WSA, który powołując się na konstytucyjną zasadę demokratycznego państwa prawnego przyznał jej rację. Od tego wyroku organ podatkowy wniósł skargę kasacyjną.
NSA oddalił skargę. Sąd stwierdził, że przepis rozporządzenia MF zastosowany przez organ podatkowy nie posługuje się pojęciem „podmiot niezarejestrowany”, ale „podmiot nieuprawniony”. Dokonując kwalifikacji pod kątem możliwości wystawienia faktury VAT, NSA podkreślił, że rozporządzenie w zakresie, w jakim wprowadza pojęcie podmiotu nieuprawnionego do wystawiania faktur, jest sprzeczne z ustawą podatkową, która mówi o obowiązku, a nie o prawie do wystawienia faktury. Fakt niezarejestrowania się jest drugorzędny i może obciążyć jedynie wystawcę faktury.
Natomiast dokonując czynności podlegających opodatkowaniu, staje się on zobowiązany z tego tytułu do jej wystawienia.
