Tak uznał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 4 września 2008 r. (I FSK 1009/07).

Spółka przyjęła do rozliczenia faktury VAT wystawione przez niezarejestrowanego podatnika. Kontrahent spółki stwierdził, że uiścił opłatę rejestracyjną i złożył dokument VAT-R. Jednak organ podatkowy, powołując się na treść § 48 ust. 4 pkt 1 lit. a rozporządzenia ministra finansów w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o VAT z 1993 r., uznał, że spółka nie miała prawa do rozliczenia VAT. Fakturę bowiem wystawił podmiot niezarejestrowany, a to jest równoznaczne z wystawieniem jej przez podmiot nieuprawniony.

Spółka wniosła skargę do WSA, który powołując się na konstytucyjną zasadę demokratycznego państwa prawnego przyznał jej rację. Od tego wyroku organ podatkowy wniósł skargę kasacyjną.

NSA oddalił skargę. Sąd stwierdził, że przepis rozporządzenia MF zastosowany przez organ podatkowy nie posługuje się pojęciem „podmiot niezarejestrowany”, ale „podmiot nieuprawniony”. Dokonując kwalifikacji pod kątem możliwości wystawienia faktury VAT, NSA podkreślił, że rozporządzenie w zakresie, w jakim wprowadza pojęcie podmiotu nieuprawnionego do wystawiania faktur, jest sprzeczne z ustawą podatkową, która mówi o obowiązku, a nie o prawie do wystawienia faktury. Fakt niezarejestrowania się jest drugorzędny i może obciążyć jedynie wystawcę faktury.

Natomiast dokonując czynności podlegających opodatkowaniu, staje się on zobowiązany z tego tytułu do jej wystawienia.

Autor jest członkiem Zespołu Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte

To korzystny wyrok dla firm, dający kolejne argumenty w sporze z organami skarbowymi w sytuacji kwestionowania prawa do odliczenia VAT naliczonego z faktury wystawionej przez niezarejestrowanego podatnika. Co prawda odnosi się do stanu prawnego sprzed 1 maja 2004 r., ale przepis rozporządzenia, którego dotyczy, został przeniesiony do obecnej ustawy i problem jest nadal aktualny. Art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a ustawy o VAT, zbieżny z zapisami dyrektywy 112/2006/WE, wymaga od podatnika, aby upewnił się, czy faktury, jakie otrzymał od swojego kontrahenta, zostały wystawione przez podmiot do tego uprawniony. Co do zasady, za podmiot nieuprawniony należy uznać taki, który nie ma prawa, a nie obowiązku, wystawienia faktury VAT (np. w sytuacji gdyby miał dokumentować sprzedaż fikcyjną lub wykonaną przez inny podmiot). Jednakże uznanie podmiotu niezarejestrowanego za nieuprawniony należy uznać za zbyt daleko idącą interpretację tych przepisów.

Sąd w ustnym uzasadnieniu prezentowanego wyroku wskazał, że przepisy nie powołują pojęcia podmiotu niezarejestrowanego, podkreślając przy tym, że ustawa nakłada obowiązek dokumentowania obrotu fakturą VAT. Zgodnie z licznymi wyrokami sądów w kwestii podatku naliczonego sprzed rejestracji bezsporne jest, że to nie otrzymanie decyzji rejestracyjnej, tylko działalność, jaką dany podmiot prowadzi, decyduje o jego statusie jako podatnika VAT. Przepis mówiący o wystawianiu faktur ma charakter obligatoryjny i odnosi się do podatników, stanowiąc jeden z ich podstawowych obowiązków. Są oni z niego wyłączeni tylko w kilku przypadkach wymienionych w ustawie, wśród których nie ma braku rejestracji w VAT. Idąc za stanowiskiem sądu, należy stwierdzić, że konkluzja, iż podmiot, który nie dopełnił obowiązku rejestracji w VAT, jest podmiotem nieuprawnionym do wystawienia faktury, jest nieuzasadniona. Zatem w takiej sytuacji nie ma podstaw do kwestionowania odliczenia podatku naliczonego przez nabywcę.