Możliwość zaliczenia do kosztów podatkowych wydatków poniesionych w związku ze zmianą danych podlegających obowiązkowi wpisu do Krajowego Rejestru Sądowego oraz ogłoszenia w Monitorze Sądowym i Gospodarczym w trakcie prowadzenia działalności nie powinna budzić żadnych wątpliwości. Są to koszty pośrednie, których poniesienie służy zarówno uzyskaniu przychodu, jak i zachowaniu bądź zabezpieczeniu źródła przychodów przy prowadzeniu działalności.
Pewne wątpliwości mogą pojawić się natomiast przy próbie zaliczenia do kosztów podatkowych wydatków poniesionych w związku z opłatami rejestracyjnymi, w sytuacji gdy przedsiębiorca nie uzyskał jeszcze żadnych przychodów (czyli przed rozpoczęciem działalności, na etapie jej rejestrowania oraz w momencie gdy działalność nie przynosi albo nie będzie przynosiła już przychodów, tj. w razie zakończenia jej prowadzenia).
Pierwsza ze wspomnianych kwestii wydaje się problemem jedynie pozornym. Nie sposób bowiem wyobrazić sobie rozpoczęcia prowadzenia działalności bez spełnienia wymogów nałożonych przez przepisy prawa. Upraszczając nieco, działalność nie może być prowadzona, a więc nie może przynosić przychodów, jeśli nie będzie zarejestrowana (a to oczywiście wiąże się z określonymi opłatami). Są to koszty pośrednie prowadzonej działalności. Choć nie znajdują one odzwierciedlenia w przychodach, ich poniesienie warunkuje prawidłowe funkcjonowanie przedsiębiorcy, jako ogólny koszt prowadzenia firmy.
Nie powinno budzić wątpliwości, że wydatki takie powodują, że przedsiębiorca może uzyskiwać przychody. Potwierdzają to organy podatkowe i sądy administracyjne. Przykładowo Drugi Mazowiecki Urząd Skarbowy w interpretacji z 1 marca 2005 r. (1472/ROP1/423-28-20/05/AJ) stwierdził, że „koszty opłaty za wpis do KRS oraz opłaty za ogłoszenie w Monitorze Sądowym i Gospodarczym są związane z początkiem prowadzenia (…) działalności gospodarczej i warunkują osiąganie (…) przyszłych przychodów”. Zdaniem urzędu „wydatki organizacyjne ponoszone przez spółkę kapitałową w organizacji w okresie poprzedzającym rejestrację są wydatkami ponoszonymi przez istniejącego już podatnika. Brak jest zatem przeszkód do zaliczenia takich wydatków do kosztów uzyskania przychodu samej spółki. Oczywiście warunkiem niezbędnym do zaliczenia ich w ciężar kosztów jest to, aby wydatki na założenie spółki zostały faktycznie poniesione przez samą spółkę, co potwierdzone będzie odpowiednimi dowodami. Warunkiem jest również celowość poniesionych wydatków”.
Podobnie stwierdził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 22 lutego 2006 r. (II FSK 191/05), oceniając wydatki związane z powstaniem osoby prawnej. Zdaniem NSA „związek pomiędzy kosztem uzyskania przychodu a przychodem, o którym mowa w art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, winien być bezpośredni z prowadzoną przez podatnika działalnością gospodarczą. Jednakże zarówno w doktrynie, jak i orzecznictwie przewidziany jest również pośredni związek kosztów z prowadzoną przez podatnika działalnością gospodarczą. Do takich kosztów należą wydatki związane z ogólnymi kosztami funkcjonowania osoby prawnej. (...) W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego koszty organizacji osoby prawnej, a więc koszty poniesione przy zakładaniu spółki (…) stanowią koszt bytu prawnego spółki i stanowią koszt uzyskania przychodów, o którym mowa w art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Najogólniej można stwierdzić, iż gdyby nie powstała osoba prawna, nie byłoby przychodu. Skoro wydatki poniesiono na utworzenie osoby prawnej, to pośrednio poniesiono je w celu osiągnięcia przychodu”.Przy spółkach osobowych, np. jawnej, brak jest jej formy „w organizacji”. Wydaje się jednak, że od momentu podpisania umowy spółki wydatki takie mogą być zaliczone w ciężar kosztów uzyskania przychodu.
Drugą, potencjalnie kłopotliwą, kwestią jest kwalifikacja do kosztów podatkowych wydatków związanych z wyrejestrowaniem działalności gospodarczej. W takiej sytuacji wydaje się jednak zasadna argumentacja, że wyrejestrowanie odbywa się w trakcie funkcjonowania przedsiębiorcy. Tym samym związane z tym koszty są połączone z całokształtem działalności gospodarczej prowadzonej przez przedsiębiorcę i jako koszty pośrednie działalności powinny być zaliczane do kosztów podatkowych jako poniesione dla zachowania lub zabezpieczenia źródła przychodu.