Przedsiębiorcy, którzy mają sprzedaż opodatkowaną i zwolnioną, a nie mogą przypisać kwot podatku naliczonego do poszczególnych grup towarów lub usług, są zobowiązani do rozliczenia podatku naliczonego w formie proporcji. Ustala się ją jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w odniesieniu do których podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego, w całkowitym obrocie (uzyskanym również z tych czynności, w związku z którymi podatnikowi takie prawo nie przysługuje).
Czasami w takiej sytuacji przedsiębiorca musi uzgadniać z naczelnikiem urzędu skarbowego proporcję rozliczenia podatku naliczonego VAT w formie protokołu. Jest tak wtedy, gdy spełnia jeden z dwóch warunków:
- w poprzednim roku podatkowym nie osiągnął obrotu czy to z czynności, w odniesieniu do których przysługiwało mu prawo do odliczenia podatku naliczonego, czy obrotu, w związku z którym takie prawo mu nie przysługiwało, lub
- w poprzednim roku podatkowym obrót był niższy niż 30 000 zł.
Czy obowiązek uzgodnienia proporcji rozliczenia VAT dotyczy również podatników, którzy korzystali ze zwolnienia podmiotowego? Analiza przepisów ustawy o VAT prowadzi do wniosku, że obowiązek ten dotyczy podatników, którzy rozpoczynają prowadzenie działalności gospodarczej i nie wybrali zwolnienia podmiotowego z podatku VAT. Należy przyjąć, że spełniają oni przesłankę braku w poprzednim roku podatkowym obrotu stanowiącego podstawę do ustalenia proporcji.