Kolejny raz potwierdził to sąd, tym razem WSA w Warszawie w wyroku z 11 kwietnia 2008 r. (III SA/Wa 263/08).
Sprawa dotyczyła ograniczeń dla aut osobowych. W momencie wejścia Polski do Unii Europejskiej ustawa o VAT pogorszyła bowiem sytuację przedsiębiorców, którzy wcześniej podróżowali samochodami mającymi homologację ciężarówki i odliczali VAT z faktur za paliwo. Po 1 maja 2004 r. z przywileju mogli skorzystać tylko podatnicy jeżdżący pojazdami mającymi określoną ładowność. Polska w momencie akcesji mogła utrzymać ograniczenia w odliczaniu VAT naliczonego, ale nie powinna pogarszać sytuacji podatników. Tymczasem wielu właścicieli aut straciło prawo do odliczenia.
Zdaniem spółki, która wystąpiła z wnioskiem o interpretację, jeśli korzystała z odliczenia podatku od paliwa przed 1 maja 2004 r., może nadal to robić po tej dacie. Z polskich przepisów to nie wynika, ale są one niezgodne z VI dyrektywą VAT (obecnie dyrektywą 2006/112/WE). Organy podatkowe powinny natomiast pomijać niezgodne z prawem unijnym regulacje. Pierwszeństwo mają bowiem korzystniejsze dla podatników przepisy dyrektywy.
Jednak dla polskiego fiskusa najważniejsza jest ciągle rodzima ustawa. Izba skarbowa stwierdziła bowiem w interpretacji, że nie jest uprawniona do oceny zgodności prawa wspólnotowego z krajowym. To obowiązek ustawodawcy, który powinien prawidłowo zaimplementować przepisy dyrektywy.
Organy podatkowe muszą stosować prawo unijne – stwierdził jednak warszawski WSA. Taki obowiązek wynika z art. 249 traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską. Organy podatkowe muszą więc badać, czy polskie przepisy nie naruszają dyrektywy. W tej sprawie tego nie zrobiły, naruszyły więc prawo. Z tego powodu sąd uchylił decyzję izby skarbowej.
Przypomnijmy, że na obowiązek stosowania unijnych przepisów zwrócił też uwagę Urząd Komitetu Integracji Europejskiej w piśmie z 1 lutego 2007 r. (Min. EOT/541/2007/DP/ak) skierowanym do Ministerstwa Finansów. Czytamy w nim: „państwa członkowskie mają obowiązek przestrzegania prawa wspólnotowego; obowiązek ten dotyczy nie tylko sądów krajowych, ale wszystkich organów państwowych, także organów administracji”.
Organy podatkowe nie mogą też ignorować wyroków Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. Jak podkreślono w piśmie z 1 lutego 2007r., mają one znaczenie nie tylko dla postępowań przed sądami krajowymi, których dotyczą, ale także dla innych spraw toczących się przed sądami państw członkowskich odnoszącymi się do podobnego problemu prawnego. Takie wyroki są źródłem prawa wspólnotowego, stanowiąc zasady tego prawa oraz reguły jego interpretacji. Nie można więc twierdzić, że wyroki ETS mogą być zastosowane wyłącznie w sprawach o identycznym stanie faktycznym.
Mimo korzystnych wyroków sądowych organy podatkowe ciągle nie stosują regulacji unijnych. Uważają, że wiążą je tylko polskie przepisy. Tak więc wyłącznie na ich podstawie oceniają prawa i obowiązki podatników. Trudno zrozumieć powody takiego postępowania. Nie ma bowiem wątpliwości co do tego, że polskie urzędy muszą bezpośrednio stosować korzystniejsze dla podatników postanowienia dyrektywy VAT, jeżeli nie zostały one prawidłowo implementowane do polskiego prawa. Być może liczą na to, że nie wszyscy podatnicy zdecydują się na doprowadzenie sporu aż do sądu. Niestety, dopiero tam można liczyć na zrozumienie dla wspólnotowych zasad rozliczania podatku VAT.