Orzekł tak WSA w Rzeszowie w wyroku z 11 marca 2008 r. (I SA/Rz 932/07).
Spółka podpisała umowę przedwstępną kupna stacji paliw. Transakcja rozliczona była w trzech ratach. Sprzedawca wystawił fakturę w przeddzień wpłaty pierwszej transzy, po kilku dniach podatnik wpłacił drugą część kwoty, a ostatnią w następnym miesiącu od wystawienia faktury. Spółka obniżyła podatek należny o podatek naliczony od całej kwoty transakcji za miesiąc, w którym była wystawiona faktura. Kierowała się treścią art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT, który jej zdaniem, nawet w razie udokumentowania fakturą transakcji niepodlegającej VAT, umożliwia kupującemu odliczenie podatku naliczonego, jeśli ureguluje należność do momentu złożenia deklaracji (przepis ten zmienił się od 1 stycznia 2008 r.).
Organy podatkowe wszczęły w tej sprawie postępowanie. W jego wyniku określiły kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy. Ustaliły też dodatkowe zobowiązanie podatkowe. Powoływały się na art. 86 ust. 10 i 11 ustawy o VAT z 2004 r. Przepisy te mówią, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę, przy czym ust. 11 skutkuje możliwością obniżenia kwot podatku należnego w deklaracji za następny okres rozliczeniowy. Organy podatkowe stwierdziły, że wystawienie faktury było wadliwe, jednak nie miało charakteru istotnego błędu, dawało zatem podstawę do odliczenia podatku naliczonego, ale tylko od sumy kwot, które zostały zapłacone w miesiącu wystawienia faktury, a od pozostałej części w miesiącu jej rzeczywistej zapłaty. Spółka wniosła skargę do WSA. Sąd przychylił się jednak do stanowiska organów podatkowych. Stwierdził, że prawo podatnika do odliczenia VAT nie wynika z samego faktu posiadania faktury, lecz w przypadku szczególnym, jakim jest faktura dokumentująca zapłatę zaliczki, wiąże się z koniecznością jej faktycznej zapłaty.
Zespół Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte
Zgodnie z art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. b ustawy o VAT podatek naliczony wynika z faktury potwierdzającej dokonanie zaliczki, jeżeli wiązała się ona z powstaniem obowiązku podatkowego. Ma to zapewnić, że odliczenie podatku naliczonego nastąpi nie szybciej niż w momencie powstania obowiązku podatkowego z tytułu otrzymania zaliczki.
