Zasadą jest, że kosztami uzyskania przychodów z prowadzonej działalności gospodarczej są wydatki poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem wymienionych w art. 23 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Wspomniany przepis nie wymienia wśród wydatków nieuznawanych za koszty podatkowe opłat za studia (zarówno magisterskie, jak i podyplomowe). Nie oznacza to jednak, że czytelnik w każdym wypadku ponoszone przez siebie wydatki może do kosztów zaliczyć. Aby tak się stało, konieczne jest, by wykazał związek między wydatkiem i przychodem.

Zanim zatem wydatek na studia zaliczy do kosztów prowadzonej działalności gospodarczej, powinien ustalić, czy związany jest on ze zdobywaniem wiedzy i umiejętności, które są potrzebne w prowadzonej działalności i mają z nią związek, czy też wydatek ten służy tylko podnoszeniu ogólnego poziomu wiedzy i wykształcenia niezwiązanego z działalnością gospodarczą, a więc jest to wydatek osobisty. Zwracały na to uwagę wielokrotnie organy podatkowe. Przykładowo Drugi Urząd Skarbowy w Gdyni wyjaśnił, że za wydatki uzasadnione racjonalnie i gospodarczo, których poniesienie może przyczynić się do osiągnięcia przychodów ze źródła, jakim jest działalność gospodarcza, uznać należy wyłącznie wydatki na kształcenie, które pozwolą podatnikowi nabyć umiejętności i wiedzę niezbędną w prowadzeniu działalności (interpretacja z 27 października 2006 r., PD-2/4111/415-0030/06). Podobnie stwierdził Pierwszy Urząd Skarbowy Łódź-Bałuty w interpretacji z 2 lutego 2007 r. (I USB I-2/415-7/07).

Problemów z zaliczeniem wydatków na studia do kosztów podatkowych nie będzie zatem, jeśli między tematyką podjętych przez czytelnika studiów i prowadzoną działalnością gospodarczą istnieje związek przyczynowo-skutkowy (tak np. Urząd Skarbowy w Strzelcach Opolskich w interpretacji z 27 marca 2006 r., PD/415-3/06). Jeśli czytelnik będzie w stanie wykazać taki związek, ponoszone przez niego opłaty zwiększą koszty prowadzonej działalności gospodarczej.

Ostrożność wskazana jest natomiast przy zaliczaniu do kosztów wydatków, które w chwili ich ponoszenia nie mają związku z prowadzoną działalnością. Na przykład Urząd Skarbowy w Zgierzu stwierdził, że wydatki na studia nie mogą być zaliczone do kosztów, gdy związane są ze źródłem przychodów, które jeszcze nie istnieje (podatnik najpierw rozpoczął studia, a dopiero potem prowadzenie działalności) – interpretacja z 14 czerwca 2006 r., I-1/415/15/07.