Jeszcze rok temu większość organów podatkowych uważała, że wnosząc aport, nie trzeba oddawać odliczonego podatku. Przykładowo Izba Skarbowa w Opolu w interpretacji z 3 marca 2005 r. (PP-II-005/549/BL/04) stwierdziła: „jeżeli istnieje związek wnoszonego aportem środka trwałego ze sprzedażą opodatkowaną i miało miejsce choćby krótkotrwałe jego używanie, podatnik ma prawo do odliczenia podatku naliczonego przy zakupie tego środka trwałego i nie powstaje u niego obowiązek dokonania korekty podatku naliczonego związanego z jego nabyciem, nawet jeśli później stanie się on przedmiotem aportu”. Podobnie uważały Małopolski Urząd Skarbowy (interpretacja z 16 listopada 2005 r., RO/443/142/2005) oraz Pierwszy Urząd Skarbowy Warszawa-Śródmieście (interpretacja z 14 lutego 2006 r., 1435/PP1/443-253/05/AŁ).
Z kolei Izba Skarbowa w Białymstoku podkreśliła, że obowiązek korekty narusza w ogóle zasadę neutralności podatku. Jak czytamy w interpretacji z 30 października 2006 r. (PPII/4430-586/ICh/06): „Zasada potrącalności podatku naliczonego wynikająca z zasady neutralności VAT powinna być pojmowana jak najszerzej i znajdować zastosowanie także w odniesieniu do podatku naliczonego przy nabyciu środków trwałych, dokonanym z zamiarem wykorzystania ich w ramach działalności opodatkowanej. Również wtedy, gdy środki trwałe zostaną następnie wniesione aportem do spółki cywilnej. Wniesienie aportem środków trwałych do spółki cywilnej nie może zatem powodować obowiązku dokonania korekty uprzednio odliczonego podatku naliczonego. Warunkiem jest jednak, by środki te służyły sprzedaży opodatkowanej”.
Zdarzały się jednak też interpretacje optujące za korektą (decyzja Izby Skarbowej w Krakowie z 16 lutego 2006 r., PP-3/449/1/06).
Korzystne dla podatników stanowisko potwierdził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w wyroku z 7 grudnia 2006 r. (I SA/Ol 528/06, opisywaliśmy go w DF z 25 stycznia 2007 r.). Sąd stwierdził wyraźnie, że wniesienie środka trwałego wykorzystywanego do działalności opodatkowanej nie powoduje obowiązku korekty VAT odliczonego przy nabyciu. Jego zdaniem przepisy o obowiązku korekty dotyczą tylko podatników, którzy wykorzystują towary jednocześnie do wykonywania czynności opodatkowanych i zwolnionych od VAT.
Argumentem na korzyść podatników był także wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 7 czerwca 2004 r. (FSK 87/04) dotyczący wniesionych aportem towarów. Wprawdzie chodziło o rozstrzygnięcie na podstawie starej ustawy o VAT, ale sąd odwołał się do VI dyrektywy i wyraźnie stwierdził: „fundamentalna zasada potrącalności podatku naliczonego powinna być pojmowana możliwie jak najszerzej i znajdować zastosowanie także w odniesieniu do podatku naliczonego przy nabyciu towarów handlowych, dokonanym z zamiarem wykorzystania ich w ramach działalności opodatkowanej również wówczas, gdy towary takie zostaną następnie wniesione aportem do spółki prawa handlowego lub cywilnego. Wniesienie aportem takich towarów do spółki prawa handlowego lub cywilnego nie może więc powodować obowiązku dokonania korekty uprzedniego odliczenia podatku naliczonego”. Sąd powołał się przy tym na orzecznictwo Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, m.in. wyrok w sprawie C-37/95, w którym stwierdzono, że „w sytuacji kiedy nabycie towarów i usług zostało poczynione z zamiarem wykorzystania ich do działalności opodatkowanej, ale z powodów pozostających poza kontrolą podatnika nie wykorzystał on nabytych towarów i usług w prowadzeniu tej działalności, prawo podatnika do odliczenia zostaje zachowane”.
Niestety, nie wszystkie sądy stanęły po stronie podatników. Przykładem jest wyrok WSA w Łodzi z 21 lutego 2007 r. (I SA/Łd 1948/06, opisywany w DF z 2 kwietnia 2007 r.). Sąd potwierdził obowiązek korekty podatku od wniesionych towarów i przyznał, że aport powoduje zmianę prawa do odliczenia. Podatnik nie będzie już bowiem ich wykorzystywał w swojej działalności gospodarczej.