Zasadą jest, że już w momencie objęcia udziałów lub akcji za wkład niepieniężny do spółki kapitałowej nowy wspólnik powinien wykazać odpowiednie przychody i koszty. Wyjątek to sytuacja, gdy wkładem niepieniężnym jest przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część. W takim wypadku nominalna wartość udziałów lub akcji objętych w spółce mającej osobowość prawną (albo wkładów w spółdzielni) jest zwolniona od podatku. Takie rozwiązanie przewiduje art. 21 ust. 1 pkt 109 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (dalej updof).
Definiując przedsiębiorstwo, przepisy podatkowe odwołują się do kodeksu cywilnego (patrz ramka). Natomiast zgodnie z art. 5a pkt 4 updof zorganizowaną częścią przedsiębiorstwa jest organizacyjnie i finansowo wyodrębniony w istniejącym przedsiębiorstwie zespół składników materialnych i niematerialnych, w tym zobowiązania, przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, który zarazem mógłby stanowić niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie realizujące te zadania.
Definicja ta posługuje się tzw. pojęciami niedookreślonymi i budzi w praktyce wiele wątpliwości. Świadczą o tym liczne wnioski o interpretacje kierowane w tej sprawie.
Problemem aportu zajmował się m.in. Drugi Urząd Skarbowy w Radomiu w interpretacji z 24 kwietnia 2007 r.(1425/033/415/4/07/AK). Podatnik planował wnieść aportem do spółki z o.o. zakład produkcyjny i związane z nim działalności pomocnicze, np. transport. W skład aportu wchodziły m.in. budynki i grunty, wszystkie maszyny, środki transportu i inne składniki majątku, jak wyposażenie, materiały, wyroby oraz zobowiązania. Natomiast dotychczasowa jednoosobowa firma po przekształceniu zajmować się miała tylko sprzedażą detaliczną towarów w sklepie. Urząd potwierdził stanowisko podatnika, że może on skorzystać ze zwolnienia zawartego w art. 21 ust. 1 pkt 109 updof.
Przykładem korzystnej dla podatnika interpretacji jest także odpowiedź Trzeciego Urzędu Skarbowego w Gdańsku z 11 kwietnia 2007 r. (DF/415-34836/07/FD). Z jej uzasadnienia wynika, że ze zwolnienia można skorzystać także wtedy, gdy dla wnoszonej w formie aportu części przedsiębiorstwa nie jest prowadzona odrębna księgowość. Z wnioskiem o interpretację wystąpił jeden ze wspólników spółki jawnej zajmującej się pośrednictwem w zawieraniu umów ubezpieczeń. Jej księgi rachunkowe prowadzone były w sposób umożliwiający identyfikację zdarzeń gospodarczych dotyczących wyodrębnionej części przedsiębiorstwa – ewidencjonowane one były na odrębnych subkontach w taki sposób, że możliwe było sporządzenie odrębnego sprawozdania finansowego. Dotyczy to przychodów i kosztów generowanych przez część przedsiębiorstwa, która ma być przeniesiona, jak również należności i zobowiązań. Natomiast zdarzenia gospodarcze, których nie można przypisać bezpośrednio do wyodrębnionej części spółki, rozliczane były na poszczególne działy stosowną proporcją z uwzględnieniem udziału przychodów przenoszonej części przedsiębiorstwa w ogólnej wielkości przychodów. Urząd skarbowy uznał, że to wystarczy, aby wartość nominalna obejmowanych udziałów korzystała ze zwolnienia.