W tym celu musimy wypełnić druk zgłoszenia rejestracyjnego (VAT-R), wskazując w nim, że rezygnujemy ze zwolnienia podmiotowego. Po otrzymaniu takiego zgłoszenia naczelnik urzędu skarbowego zarejestruje nas jako "podatnika VAT czynnego" i potwierdzi zarejestrowanie na druku VAT-5. To niestety kosztuje. Składając VAT-R, musimy uiścić opłatę skarbową w wysokości 170 zł.
Czynnym podatnikiem stajemy się już w dacie złożenia zgłoszenia. Nie ma znaczenia, z jaką datą został wystawiony druk VAT-5. Potwierdziła to Izba Skarbowa w Warszawie w piśmie z 1 kwietnia 2006 r. (1401/HTI/4407/14-35/05/EN): "mimo sformułowania zawartego w (...) przepisie, że naczelnik rejestruje podatnika, rejestracja następuje w momencie samego zgłoszenia rejestracyjnego (tj. złożenia w urzędzie skarbowym druku VAT-R)".
Uwaga, organy podatkowe różnie interpretują przepis, który mówi o rezygnacji ze zwolnienia przez osobę rozpoczynającą wykonywanie działalności w trakcie roku. Według jednych o rezygnacji można powiadomić urząd skarbowy w dowolnym momencie, według innych tylko przed rozpoczęciem opodatkowanej działalności.
Chodzi o art. 113 ust. 4 ustawy o VAT. Brzmi on: "Podatnicy (...) mogą zrezygnować ze zwolnienia określonego w ust. 1 i 9 pod warunkiem pisemnego zawiadomienia o tym zamiarze naczelnika urzędu skarbowego przed początkiem miesiąca, w którym rezygnują ze zwolnienia, z tym że w przypadku, o którym mowa w ust. 9 (dotyczącym rozpoczynających działalność - przyp. red.), zawiadomienie musi nastąpić przed dniem wykonania pierwszej czynności określonej w art. 5".
Można z tego zrozumieć, że początkujący przedsiębiorca w pierwszym roku podatkowym ma prawo zrezygnować ze zwolnienia tylko przed rozpoczęciem działalności gospodarczej. Tak też odczytują przepis warszawskie urzędy skarbowe. Przykładem są interpretacje: Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie z 20 lutego 2006 r. (1471/NTR 2/443-578 a/05/MP) i Urzędu Skarbowego Warszawa-Bielany z 3 listopada 2005 r. (1432/PP/P/440-186/14 a/05/KC). W tym ostatnim piśmie czytamy: "Termin do dokonania rezygnacji ze zwolnienia w przypadku podatnika rozpoczynającego działalność w trakcie roku podatkowego jest terminem prawa materialnego, tzn. jest terminem nieprzywracalnym. Zatem jeżeli podatnik takiego oświadczenia o rezygnacji nie złoży, a rozpocznie wykonywanie czynności określonych w art. 5 ustawy, podatnikiem VAT stanie się dopiero w momencie, gdy przekroczy kwotę 10 000 euro".