Wskazują na to liczne wyjaśnienia organów podatkowych, będące odpowiedzią na pytania podatników. Przyjrzyjmy się kilku ciekawym problemom.

Przypomnijmy, że co do zasady odliczenie podatku naliczonego od środków trwałych korygujemy w okresie kilku lat:

- 10 lat - dla nieruchomości (a więc m.in. budynków, budowli, gruntów, prawa wieczystego użytkowania gruntu),

- 5 lat - dla pozostałych środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych.

Co roku w tym okresie korekcie podlega odpowiednio 1/10 lub 1/5 VAT naliczonego przy ich nabyciu/wytworzeniu.

Od 1 czerwca 2005 r. nie dotyczy to jednak środków trwałych o wartości nieprzekraczającej 15 tys. zł (w tym wypadku korekta jest jednorazowa, po zakończeniu roku, w którym zostały przyjęte do używania).

Może się jednak zdarzyć, że taki środek trwały o niskiej wartości zostanie ulepszony w trakcie użytkowania i tym samym jego wartość początkowa wzrośnie. Czy to oznacza, że będzie podlegać wieloletniej korekcie?

Zdaniem Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie, nie. W piśmie z 7 kwietnia 2006 r. (1471/NUR1/443-29/2/06/GW) urząd wyjaśnił, że początek okresu korekty liczymy od roku, w którym środki trwałe lub wartości niematerialne i prawne zostały przekazane do użytkowania. To, na jakich zasadach będzie korygowany podatek naliczony, przesądza wartość początkowa środka trwałego określona w momencie oddania do użytkowania. Wydatki poniesione na przebudowę, rozbudowę, adaptację, rekonstrukcję i modernizację środka trwałego, które powodują wzrost wartości początkowej środka trwałego ponad 15 tys. zł, nie skutkują powstaniem obowiązku dokonania 5-letniej korekty podatku naliczonego od ulepszonego środka trwałego. Z pisma wynika jednak, że gdyby łączna wartość ulepszenia przekraczała 15 tys. zł, taka korekta byłaby już konieczna, i dotyczyłaby wówczas samego ulepszenia.

To, że VAT odliczony przy ulepszeniach może być korygowany niezależnie, potwierdzają też wyjaśnienia Izby Skarbowej w Warszawie z 20 października 2006 r. (1401/PH-I/4407/14-155/05/AŁ). W tym wypadku chodziło o ulepszenia nieruchomości nabytej przed 1 maja 2004 r. Podatnik, który poniósł nakłady na jej modernizację po tej dacie, uważał, że ma prawo do korekty VAT naliczonego od całości - tj. VAT od wartości zakupionej nieruchomości i jej ulepszeń (taka korekta była dla niego opłacalna, bo zmieniła się u niego proporcja sprzedaży na korzyść sprzedaży opodatkowanej). Pierwszy Mazowiecki Urząd Skarbowy się z tym nie zgodził, a jego zdanie podzieliła warszawska Izba Skarbowa. Organy podatkowe uznały, że korekcie podlega jedynie VAT od nakładów inwestycyjnych zwiększających wartość nieruchomości.

Różnica zdań dotyczyła też okresu korekty - podatnik uważał, że będzie to 10 lat (bo taki okres jest właściwy dla nieruchomości), tymczasem według organów podatkowych okres korekty ulepszeń wynosi 5 lat, licząc od roku, w którym zostały oddane do użytkowania.

Stanowisko to izba potwierdziła w kolejnej decyzji z 20 października 2006 r. (1401/PH-I/4407/14148/05/AŁ) dotyczącej inwestycji w obcym środku trwałym. Taka inwestycja polega na ulepszeniu np. cudzego budynku czy lokalu. Izba stwierdziła, że stanowi ona u inwestora "odrębny od nieruchomości środek trwały i podlega amortyzacji wg zasad określonych dla takich środków trwałych (art. 16j ust. 4), a nie wg zasad odnoszących się do nieruchomości. (...) Korekta podatku naliczonego odnoszącego się do takiego środka trwałego powinna być dokonana, zgodnie z art. 91 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług w ciągu 5 kolejnych lat, począwszy od roku, w którym został on oddany do użytkowania".

Wiele kontrowersji budzi konieczność korekty odliczenia w razie sprzedaży środka trwałego zwolnionej z VAT, jeśli poza tym podatnik ma wyłącznie sprzedaż opodatkowaną. Urzędnicy wywodzą obowiązek takiej korekty z art. 91 ust. 7 ustawy o VAT. Przepis ten mówi, że regulacje dotyczące korekty (ust. 1 - 5) stosuje się odpowiednio, gdy podatnik miał prawo do odliczenia, a następnie się to prawo zmieniło. Jako zmianę prawa do odliczenia traktują sprzedaż zwolnioną.

Jeden z podatników nabrał wątpliwości, czy zmiana prawa do odliczenia następuje także w sytuacji, gdy środek trwały przestaje służyć działalności opodatkowanej z tego powodu, że został skradziony. Urząd Skarbowy Łódź-Polesie wyprowadził go z błędu. W piśmie z 17 maja 2006 r. (USIII/443/VAT/315/36/06EL) stwierdził, że "w art. 91 ustawy stanowiącym o korektach kradzież, utrata czy zniszczenie towaru nie zostały wymienione jako przesłanki powodujące obowiązek dokonania korekty podatku naliczonego. Konsekwencją powyższego jest brak obowiązku dokonywania korekty podatku naliczonego odliczonego przy nabyciu towarów handlowych, następnie skradzionych lub zniszczonych. (...) Fakt późniejszego wystąpienia zdarzenia losowego, jakim jest kradzież, nie pozbawia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego związanego z zakupem tego towaru".

Art. 91 ust. 4 ustawy o VAT mówi, że gdy w okresie korekty (czyli w ciągu 5 lub 10 lat licząc od roku, w którym środek trwały został oddany do używania) nastąpi sprzedaż środków trwałych, uważa się, że są one nadal używane na potrzeby czynności podlegających VAT, aż do końca okresu korekty. Korekta po sprzedaży powinna być sporządzona jednorazowo w odniesieniu do całego pozostałego okresu korekty, w deklaracji podatkowej za okres rozliczeniowy, w którym nastąpiła sprzedaż. Ponieważ w przepisach jest wyraźnie mowa o sprzedaży, powstaje pytanie, czy taka korekta jest konieczna w razie nieodpłatnej dostawy towarów, opodatkowanej VAT? Pierwszy Mazowiecki Urząd Skarbowy w Warszawie w piśmie z 5 kwietnia 2006 r. (1471/NUR1/44319/06/GW)potwierdził, że tak. Powołał się na definicję sprzedaży z art. 2 pkt 22 ustawy o VAT, który przez sprzedaż rozumie m.in. odpłatną dostawę towarów, i na art. 7 ust. 2 tej ustawy, w myśl którego przez odpłatną dostawę towarów rozumie się również przekazanie przez podatnika towarów należących do jego przedsiębiorstwa na cele inne niż związane z prowadzonym przez niego przedsiębiorstwem, jeżeli podatnikowi przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego od tych czynności, w całości lub w części.