Spór dotyczył krajowych przepisów dotyczących przechowywania faktur elektronicznych. Zdaniem podatnika obowiązek przechowywania faktur elektronicznych w kraju w sposób umożliwiający dostęp do nich organom podatkowym jest sprzeczny z przepisami VI dyrektywy. Z art. 22 ust. 3 (d) VI dyrektywy wynika, że podatnik ma wybór miejsca przechowywania faktur - w kraju lub za granicą - jednakże pod warunkiem zapewnienia organowi podatkowemu dostępu do nich "bez zbędnej zwłoki". Ustawodawca krajowy ma możliwość ograniczenia miejsca przechowywania faktur do kraju siedziby podatnika jedynie w sytuacji, kiedy faktury byłyby przechowywane za granicą w innej formie niż elektroniczna. W ocenie podatnika z przepisu VI dyrektywy nie można wywodzić nakazu zapewnienia administracji podatkowej pełnego i bezpośredniego dostępu również wówczas, jeśli podatnik przechowuje faktury w kraju siedziby.
Organy podatkowe uważały, że art. 22 ust. 3 (d) VI dyrektywy nie zawiera żadnych nakazów czy zakazów adresowanych do państw członkowskich, dotyczących faktur elektronicznych przechowywanych na ich terytorium (będącym krajem siedziby podatnika), które uniemożliwiałyby nakładanie obowiązku zapewnienia dostępu online. Kwestię uregulowania dostępu do faktur elektronicznych pozostawiono państwom członkowskim.
Gliwicki sąd uznał za bezsporne, że przepisy krajowe ustanawiają obowiązek udostępniania faktur wystawianych w formie elektronicznej na żądanie organów podatkowych w sposób ciągły, natychmiastowy i pełny. Z przepisów unijnych wynika, że wymóg zapewnienia dostępu online dotyczy podatnika, który przechowuje faktury poza terytorium kraju członkowskiego, w którym ma siedzibę. Sformułowanie "a także wszystkie otrzymane faktury" zawarte w przepisie dyrektywy zdaniem sądu przesądza o tym, że również faktury elektroniczne powinny być udostępnione w formie gwarantującej pełny i ciągły dostęp do danych.
Sąd nie dopatrzył się niezgodności obowiązku zapewnienia organom podatkowym pełnego i ciągłego (online) dostępu do faktur w formie elektronicznej z przepisami unijnymi. Nie przychylił się również do możliwości bezpośredniego zastosowania przepisów dyrektywy 2006/112/WE w tym wypadku.
Mając na uwadze ugruntowane podejście Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, bezpośrednie zastosowanie dyrektywy możliwe jest w szczególności w sytuacji, gdy przepis, na który podatnik się powołuje, ma bezwarunkowy i wystarczająco precyzyjny charakter, a jednocześnie norma przyjęta w ustawodawstwie krajowym nie określa w sposób jasny praw i obowiązków podatnika. W analizowanym przypadku przepisy dyrektywy odnoszące się do kwestii udostępniania organom podatkowym faktur elektronicznych nie mają wystarczająco precyzyjnego i bezwarunkowego charakteru. Precyzyjne są natomiast polskie regulacje. Wydaje się więc, że sąd słusznie oddalił skargę podatnika. Wprowadzenie przez polskiego ustawodawcę obowiązku zapewnienia pełnego i ciągłego dostępu do faktur elektronicznych przechowywanych na terytorium kraju siedziby należy traktować jako wyraz realizacji swobody państwa członkowskiego w regulowaniu wewnętrznego porządku prawnego. Taką swobodę europejski ustawodawca pozostawia w odniesieniu do licznych aspektów opodatkowania VAT.
