Organy podatkowe na ogół odmawiają podatnikom prawa do zaliczenia takich wydatków bezpośrednio w ciężar kosztów. Stoją też na stanowisku, że nie zwiększają one wartości początkowej środka trwałego. Argumentują to tym, że skoro dotacja z funduszy strukturalnych nie jest przychodem podatkowym, to wydatek na jej uzyskanie nie został poniesiony w celu uzyskania przychodu. Zatem nie może być kosztem podatkowym - ani bezpośrednio, ani przez amortyzację (tak Izba Skarbowa w Olsztynie Ośrodek Zamiejscowy w Elblągu w decyzji z 13 listopada 2006 r., PDP/E/4218-1-5/06). Podobne argumenty podnoszone są w sytuacji, gdy dotacja jest (u osoby prawnej) przychodem wolnym od podatku. Jak czytamy w decyzji Izby Skarbowej w Warszawie z 27 września 2006 r. (1401/BP-I/4230Z-86/06/EL): "Koszt opracowania biznesplanu i wniosków stanowi wydatek mający na celu uzyskanie dotacji, która stanowi dochód wolny od podatku. Kosztów uzyskania przychodów wolnych od podatku nie uwzględnia się przy ustalaniu dochodu stanowiącego podstawę opodatkowania".

Zdarzają się też jednak interpretacje odmienne. Przykładowo Podkarpacki Urząd Skarbowy w piśmie z 20 października 2006 r. ( PUS.I/423/104/06) stwierdził, że wydatki poniesione na usługę doradczą związaną z pozyskaniem dotacji na zadanie inwestycyjne można zaliczyć do wartości początkowej środków trwałych w budowie, jest to bowiem wydatek warunkujący prowadzenie inwestycji.