Zgodnie z art. 291 § 2 kodeksu pracy odpowiedzialność pracownika za wyrządzenie pracodawcy szkody wygasa po roku od dnia, w którym pracodawca powziął o tym wiadomość, nie później jednak niż z upływem trzech lat. Jednak z orzecznictwa Sądu Najwyższego wynika, że roszczenia pracodawcy wobec pracownika, który nienależycie wykonywał swoje obowiązki, przez co wpędził go w tarapaty, nie wygasa tak szybko.
W jednym z wyroków z 5 października 2011 r. (sygn. akt II PK 38/11) SN zajął się kwestią odpowiedzialności księgowego. Uznał w nim, że terminy na wystąpienie z roszczeniem należy liczyć od wydania przez urząd skarbowy decyzji: nakładającej na przedsiębiorcę obowiązek zapłaty zaległych podatków. Wówczas odpowiedzialność księgowego może obejmować nawet podatki niezapłacone sześć lat wstecz.
Przedsiębiorcy nie wolno obciążać pracownika obowiązkiem zapłaty zaległych podatków. Bez względu na to, czy są one płacone w terminie, czy z opóźnieniem, obowiązek ich uregulowania spoczywa na przedsiębiorcy. Może on jednak przenieść na niesumiennego pracownika zapłatę odsetek od zaległości.
Przedsiębiorca musi jednak pamiętać także o innym ograniczeniu odpowiedzialności pracownika. Zgodnie z art. 119 i 120 kodeksu pracy, odszkodowanie płacone przez pracownika po wyrządzeniu pracodawcy szkody (tu w wysokości odsetek ustawowych od zaległości), nie może przekraczać trzykrotności jego wynagrodzenia. Tylko wyjątkowo, gdy pracodawca udowodni, że pracownik działał w takim przypadku umyślnie, może obciążyć go pełną odpowiedzialnością (bez ograniczenia do trzykrotności jego wynagrodzenia). W praktyce takie sprawy są bardzo trudne w udowodnieniu, więc przedsiębiorcy poprzestają na ograniczonych zasadach odpowiedzialności pracowników.
Przedsiębiorca nie obciąży jednak księgowego winą za zaległości, jeśli sam polecił mu wstrzymać się z zapłatą podatku. Do takiej sytuacji doszło w sprawie, gdzie księgowy wskazywał na rozbieżności w interpretacji przepisów i to jego przełożeni zadecydowali ostatecznie, by podatku nie płacić. SN uznał (w wyroku z 6 lutego 2013 r., sygn. I PK 184/12), że w takiej sytuacji nie można obciążyć pracownika karnymi odsetkami od zaległości.
Błędne informacje przekazane przez pracodawcę do ZUS mogą spowodować podwyższenie należnej składki. Zgodnie z art. 34 ust. 1 ustawy z 30 października 2002 r. o ubezpieczeniu społecznym z tytułu wypadków przy pracy i chorób zawodowych, przedsiębiorca ma obowiązek terminowo przekazywać do ZUS prawidłowe dane na temat liczby pracowników i warunków ich zatrudnienia, co ma wpływ na wysokość składki wypadkowej. Jeśli nie wywiąże się z tego obowiązku, przez co zaniży składkę na to ubezpieczenie, ZUS poza ściągnięciem zaległości z odsetkami nakłada na niego obowiązek zapłaty podwyższonej składki na to ubezpieczenie.
Nie zawsze jednak tak będzie. SN w wyroku z 14 lutego 2013 r., (sygn. akt III UK 53/1) stwierdził, że pracodawca może bronić się, że do pomyłki doszło z wyłącznej winy pracownika, za którą nie ponosi odpowiedzialności.
