Mała firma z województwa mazowieckiego otrzymała dotację z programu „Innowacyjna gospodarka". W wyniku kontroli przeprowadzonej po zakończeniu inwestycji, urzędnicy zakwestionowali sposób jej realizacji. Okazało się, że hala produkcyjna, którą przedsiębiorca wybudował, ma mniejszą powierzchnię, niż powierzchnia zakładana w projekcie, który był przedmiotem oceny. Ostatecznie sprawa zakończyła się obniżeniem dotacji, chociaż firmie groził zwrot wszystkich otrzymanych do tego czasu środków (uzyskanych zaliczek) wraz z odsetkami.
Każda inwestycja realizowana przez przedsiębiorcę kończy się kontrolą. Uprawnione są do niej przede wszystkim instytucje odpowiedzialne za realizację poszczególnych programów operacyjnych. Ale kontrolę mogą przeprowadzać także inne organy m.in. urzędy kontroli skarbowej, Najwyższa Izba Kontroli, prezes Urzędu Zamówień Publicznych.
Zazwyczaj kontrola jest przeprowadzana tuż po zakończeniu inwestycji, kiedy dochodzi do ostatecznego rozliczenia wydatków. To wtedy urzędnicy weryfikują wszystkie dokumenty, sprawdzają ich spójność i zgodność z założeniami projektu. Wystarczy na przykład, że wyszczególnione na fakturze pozycje nie odpowiadają zakresowi prac określonemu w umowie o dofinansowanie. Przedsiębiorca będzie musiał uzupełnić dokumentację i wyjaśnić wszystkie rozbieżności. Może to wymagać dołączenia specyfikacji faktury lub oświadczeń wykonawców (np. robót budowlanych, dostawców urządzeń).
Kontrola ma także wykazać, czy przedsiębiorca nie rozszerzył samowolnie zakresu prac. Nie wolno mu tego robić bez uprzedniej zgody właściwej instytucji, nawet gdy wydatki te są niezbędne do realizacji projektu. Przykładowo firma wybudowała drogę dojazdową albo rozbudowała plac manewrowy czy też postawiła oświetlenie terenu. Jeżeli takie pozycje nie znalazły się wcześniej w dokumentacji dołączonej do umowy o dofinansowanie, nie wolno ich zaliczać do tzw. kosztów kwalifikowanych. Oznacza to, że firma musi je w całości sfinansować samodzielnie.
Kontrola prawidłowości wydatkowania środków unijnych może być przeprowadzona w każdymi miejscu związanym z projektem. Może to być siedziba firmy, plac budowy, jak i siedziba instytucji kontrolującej. Zwykle kontrole unijne są zapowiadane. Przedsiębiorca ma więc czas, aby się do nich przygotować. Przede wszystkim musi zgromadzić w jednym miejscu wszystkie dokumenty i zorganizować stawienie się wszystkich osób zaangażowanych w realizację projektu.
