Problem dotyczy np. przedsiębiorców używających spawarki. Czasem kłopoty mają też zakłady, które wprawdzie nie mają takich urządzeń czy instalacji, ale np. w danym roku odnawiają swój zakład (nie ma zwolnień dla przedsiębiorców incydentalnie korzystających ze środowiska). Dla farb bowiem nie ma stawek ryczałtowych, a trudno przecież ukryć fakt, że zakład został odnowiony. Przedsiębiorca powinien więc rozliczyć się z substancji lotnych uwolnionych z farb. Może się okazać, że koszt wyliczenia opłaty środowiskowej przekroczy koszt farb. Z takich substancji rozliczają się też corocznie np. zakłady lakiernicze.
Ponieważ nie ma przepisów określających, jak w takich wypadkach wyliczyć wielkość emisji, każda metoda obliczenia powinna być uznana za właściwą. Tyle że wysokość opłat obliczonych według różnych metod będzie różna.
Poza tym kosztowne jest też uzyskanie informacji niezbędnych do wyliczenia takiej opłaty. Można ją na przykład obliczyć, robiąc własne pomiary jednostkowe czy przeprowadzając własne wieloletnie badania różnych wariantów pracy źródła emisji. Można też skorzystać z literatury albo szukać wskaźników na stronach internetowych. Wskaźniki emisji będą jednak różne w zależności od metody, a co za tym idzie – wyliczone opłaty dla tych samych ilości substancji będą się od siebie różnić.
Brak jednolitych przepisów może też spowodować, że marszałek województwa zgłosi zastrzeżenia do wykazu sporządzonego przez przedsiębiorcę.
Marszałek województwa może bowiem, zgodne z art. 288 prawa ochrony środowiska, zakwestionować opłatę na podstawie własnych ustaleń lub wyników kontroli wojewódzkiego inspektora ochrony środowiska. Ponieważ nie ma konkretnych przepisów dotyczących sposobów ustalania opłat, przedsiębiorcy trudno będzie się obronić przed niekorzystną dla niego decyzją marszałka. W takiej sytuacji przedsiębiorca musi się liczyć nie tylko z dopłatą, ale i z odsetkami za zwłokę tak jak przy zaległościach podatkowych.
