Przedsiębiorca, który szykuje się do pozyskania unijnego dofinansowania, wielokrotnie spotka się z pojęciem „koszty/ wydatki kwalifikowane". Właściwie na każdy projekt składają się bowiem te wydatki, które za takie wolno uznać, i te, które w żadnym razie nie mogą być współfinansowane z funduszy unijnych (środków pomocy publicznej lub pomocy de minimis).
Podział ten jest bardzo ważny. Przede wszystkim, jeżeli przedsiębiorca otrzymuje informację, że może liczyć na dofinansowanie w wysokości np. 50 proc., to zawsze odnosi się to właśnie do kosztów kwalifikowanych. Jednak w praktyce w zdecydowanej większości przypadków nie będzie to oznaczało, że firma otrzyma dokładnie połowę środków potrzebnych na realizację zaplanowanego projektu. Tak byłoby tylko wówczas, gdyby rzeczywiście 100 proc. zaplanowanych kosztów mieściło się w tej kategorii.
Oczywiście takie sytuacje mogą mieć miejsce. Przykładowo przy dotacjach na usługi doradcze jedynym dopuszczalnym kosztem kwalifikowanym może być zakup konkretnej usługi. Jeżeli przedsiębiorca nie zażyczy sobie wykonania dodatkowych prac, ekspertyz itp. działań, to całość kosztów może się zmieścić w tym zakresie. Wtedy on sfinansuje połowę ze środków własnych, a połowę otrzyma w ramach dotacji (Uwaga! Nawet w takim wypadku kosztem niekwalifikowanym może być VAT).
Jednak już przy większych projektach może się okazać, że część wydatków w takiej kategorii się nie mieści. I wtedy przedsiębiorca musi tak naprawdę sfinansować większą proporcjonalnie część inwestycji. Przykładowo przy dofinansowaniu na poziomie 50 proc. koszty kwalifikowane wynoszą 100 tys. zł i do tego dochodzi 20 tys. kosztów niekwalifikowanych. Razem koszt projektu to 120 tys. zł. Tyle, zakładając że mamy do czynienia wyłącznie z refundacją wydatków (bez wypłaty zaliczki), najpierw musi wydać przedsiębiorca, wykorzystując własne oszczędności lub korzystając z kredytu. Po zakończeniu projektu składa wniosek o płatność końcową i dochodzi do ostatecznego rozliczenia (zakładamy, że projekt w całości został wykonany w sposób prawidłowy i w terminie). Firma będzie się mogła ubiegać o refundację 50 tys. zł. Tyle wynosi bowiem 50 proc. z kosztów kwalifikowanych. Biorąc zatem po uwagę całkowitą wartość projektu, realne dofinansowanie wynosi 41,7 proc. Jak łatwo zauważyć, im większy udział kosztów niekwalifikowanych w całkowitej wartości projektu, tym niższy realny poziom dofinansowania. W opisanym przypadku, gdyby przyjąć, że wydatki niekwalifikowane wyniosły 30 tys. zł, rzeczywista intensywność wsparcia spadłaby do 38,5 proc.