Odrębnego potraktowania wymaga możliwość zbycia nie całego przedsiębiorstwa, lecz tylko jego zorganizowanej części. W literaturze jest to cały czas problem dyskusyjny, jednak w praktyce dość często dochodzi takich transakcji.
Przede wszystkim należy zauważyć, że w przepisach kodeksu cywilnego nie znajdziemy definicji zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Nie ma też żadnego odesłania, które pozwoliłoby na odpowiednie stosowanie przepisów o przedsiębiorstwie do jego zorganizowanych (wyodrębnionych) części.
Realizacja określonych zadań
Pojęcie zorganizowanej części przedsiębiorstwa pojawia się obecnie jedynie na gruncie prawa podatkowego. Tytułem przykładu można podać, że ustawa o podatku dochodowym od osób fizycznych za zorganizowaną część przedsiębiorstwa uznaje organizacyjnie i finansowo wyodrębniony w istniejącym przedsiębiorstwie zespół składników materialnych i niematerialnych, w tym zobowiązania, przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, który zarazem mógłby stanowić niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie realizujące te zadania.
Na gruncie prawa cywilnego brakuje normatywnego pojęcia zorganizowanej części przedsiębiorstwa, mimo że wymagają tego potrzeby obrotu gospodarczego. W związku z tym należy w tej kwestii zwrócić uwagę na wypowiedzi doktryny i orzecznictwa.
Zorganizowana część przedsiębiorstwa to zespół składników materialnych i niematerialnych wyodrębniony ze struktury przedsiębiorstwa, a w skład zorganizowanej części przedsiębiorstwa powinien wchodzić przynajmniej jeden składnik o charakterze niematerialnym, np. klientela, renoma, organizacja i przynajmniej jeden składnik materialny.
Wyodrębnienie zorganizowanej części przedsiębiorstwa powinno zachodzić w szczególności na płaszczyźnie organizacyjnej i funkcjonalnej. Składniki niematerialne i materialne, tworzące zorganizowaną część przedsiębiorstwa, mają być przeznaczone do prowadzenia działalności gospodarczej, a więc składniki te powinny być połączone węzłem zadań spełnianych przez nie w obrocie gospodarczym.
Zdolność do niezależnego działania
Reasumując można stwierdzić, że zorganizowana część przedsiębiorstwa to organizacyjnie i finansowo wyodrębniony w istniejącym przedsiębiorstwie zespół składników materialnych i niematerialnych, w tym zobowiązań, przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, który zarazem mógłby stanowić niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie realizujące te zadania.
W podobnym tonie wypowiedział się Naczelny Sąd Administracyjny w dwóch wyrokach (wyrok z 22 stycznia 1997 r., sygn. akt SA/Sz 2724/95 oraz wyrok 26 czerwca 1998 r.,sygn. akt I SA/Gd 1097/96), w których uznał, że aby część mienia przedsiębiorstwa mogła być uznana za zorganizowaną jego część, musi ona posiadać potencjalną zdolność do niezależnego działania gospodarczego jako samodzielnego podmiotu gospodarczego.
Zarówno w doktrynie, jak i orzecznictwie nie ma pełnej zgody co do stosowania w drodze analogii przepisów dotyczących przedsiębiorstwa do jego zorganizowanych części.
Przeciwnicy posługują się przede wszystkim argumentem, że kodeks cywilny nie przewiduje sytuacji, w której dochodziłoby do podziału przedsiębiorstwa w drodze czynności prawnej, w wyniku której obie strony transakcji stawałyby się właścicielami odrębnych przedsiębiorstw, pochodzących z przedsiębiorstwa istniejącego przed dokonaniem transakcji.