Sprawdzą oni, czy realizacja projektu przebiega zgodnie z planem, czy dokumentacja została prawidłowo przygotowana, a projekt jest odpowiednio promowany.
Instytucjami, które najczęściej -z racji swoich obowiązków -dokonują kontroli, są regionalne instytucje finansujące. Działające w każdym województwie RIF są regionalnymi partnerami PARP, odpowiedzialnymi m.in. za merytoryczne i finansowe monitorowanie wdrażanych programów skierowanych do małych i średnich przedsiębiorstw. Jeżeli przedsiębiorca pozyskał fundusze na cele inwestycyjne (działanie 2.3), może z całą pewnością spodziewać się wizyty kontrolerów z RIF. Jeżeli pieniądze przeznaczone były na projekt doradczy (działanie 2.1), szansa ta maleje. W tym wypadku duże znaczenie odgrywa kwota przyznanej dotacji. Im wyższa, tym większe prawdopodobieństwo kontroli.
Kto jeszcze może pojawić się w firmie? Przedstawiciele Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości, Ministerstwa Rozwoju Regionalnego, Ministerstwa Finansów, urzędów kontroli skarbowej, Najwyższej Izby Kontroli oraz instytucji Unii Europejskiej (reprezentujących Komisję Europejską).
Zazwyczaj kontrolerzy pojawiają się w firmie po zakończeniu realizacji projektu i opracowaniu wniosku o płatność końcową. Zdarza się, że upoważniona do tego instytucja przeprowadza kontrolę jeszcze w trakcie realizacji projektu. Dzieje się tak w wypadku projektów, które finansowane są w drodze leasingu. Dodatkowo, jeżeli kontrolerzy dowiedzą się o jakichkolwiek nieprawidłowościach, mogą pojawić się w przedsiębiorstwie w każdej chwili, niezależnie od etapu realizacji danego projektu. Wszyscy przedsiębiorcy muszą być przygotowani na kontrolę nawet do 5 lat po jego zakończeniu. Przez cały ten okres firmy muszą przechowywać pełną dokumentację związaną z realizacją projektu.
To właśnie prowadzenie dokumentacji sprawia firmom, szczególnie małym, najwięcej kłopotów. Często jest ona niekompletna lub składana po upływie wyznaczonego terminu. Brakuje udokumentowania wszystkich podejmowanych w trakcie realizacji projektu kroków, np. zakupu sprzętu, wyboru dostawców czy podwykonawców. Bywa, że brakuje także potwierdzenia przez bank dokonanych przelewów. Problemy są także z przeliczeniami walutowymi. Należy jeszcze pamiętać, że wszystkie kserokopie dokumentów muszą być potwierdzone za zgodność z oryginałem.
