Sprawdzą oni, czy realizacja projektu przebiega zgodnie z planem, czy dokumentacja została prawidłowo przygotowana, a projekt jest odpowiednio promowany.

Instytucjami, które najczęściej -z racji swoich obowiązków -dokonują kontroli, są regionalne instytucje finansujące. Działające w każdym województwie RIF są regionalnymi partnerami PARP, odpowiedzialnymi m.in. za merytoryczne i finansowe monitorowanie wdrażanych programów skierowanych do małych i średnich przedsiębiorstw. Jeżeli przedsiębiorca pozyskał fundusze na cele inwestycyjne (działanie 2.3), może z całą pewnością spodziewać się wizyty kontrolerów z RIF. Jeżeli pieniądze przeznaczone były na projekt doradczy (działanie 2.1), szansa ta maleje. W tym wypadku duże znaczenie odgrywa kwota przyznanej dotacji. Im wyższa, tym większe prawdopodobieństwo kontroli.

Kto jeszcze może pojawić się w firmie? Przedstawiciele Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości, Ministerstwa Rozwoju Regionalnego, Ministerstwa Finansów, urzędów kontroli skarbowej, Najwyższej Izby Kontroli oraz instytucji Unii Europejskiej (reprezentujących Komisję Europejską).

Zazwyczaj kontrolerzy pojawiają się w firmie po zakończeniu realizacji projektu i opracowaniu wniosku o płatność końcową. Zdarza się, że upoważniona do tego instytucja przeprowadza kontrolę jeszcze w trakcie realizacji projektu. Dzieje się tak w wypadku projektów, które finansowane są w drodze leasingu. Dodatkowo, jeżeli kontrolerzy dowiedzą się o jakichkolwiek nieprawidłowościach, mogą pojawić się w przedsiębiorstwie w każdej chwili, niezależnie od etapu realizacji danego projektu. Wszyscy przedsiębiorcy muszą być przygotowani na kontrolę nawet do 5 lat po jego zakończeniu. Przez cały ten okres firmy muszą przechowywać pełną dokumentację związaną z realizacją projektu.

To właśnie prowadzenie dokumentacji sprawia firmom, szczególnie małym, najwięcej kłopotów. Często jest ona niekompletna lub składana po upływie wyznaczonego terminu. Brakuje udokumentowania wszystkich podejmowanych w trakcie realizacji projektu kroków, np. zakupu sprzętu, wyboru dostawców czy podwykonawców. Bywa, że brakuje także potwierdzenia przez bank dokonanych przelewów. Problemy są także z przeliczeniami walutowymi. Należy jeszcze pamiętać, że wszystkie kserokopie dokumentów muszą być potwierdzone za zgodność z oryginałem.

Kolejny problem - brak lub nieodpowiednia wizualizacja projektu. Chodzi o poinformowanie opinii publicznej o tym, że dany projekt został dofinansowany ze środków europejskich. To wymóg, który musi być przestrzegany rygorystycznie. Jak powinno to prawidłowo wyglądać? Gdy chodzi o projekty inwestycyjne, może to być plakat lub tabliczka wywieszona w widocznym, ogólnodostępnym miejscu na terenie firmy (zakładu, fabryki), informująca o tym, że dana inwestycja pochodzi ze środków unijnych. Przy projektach doradczych dokumenty powinny być opatrzone m.in. logo programu i symbolem Unii Europejskiej.

Inną kwestią, która poddawana jest kontroli, jest wywiązanie się beneficjenta z zakładanych celów i efektów projektu, np. stworzenia nowych miejsc pracy. Dlatego już podczas przygotowania wniosku trzeba bardzo realnie ocenić rezultaty, jakie może przynieść dana inwestycja.

Należy pamiętać o jeszcze jednej bardzo ważnej sprawie. Rozpoczęcie realizacji projektu (nawet części zadań z nim związanych) przed złożeniem wniosku o dofinansowanie może przekreślić szansę przedsiębiorcy na otrzymanie dotacji. Ścisłe trzymanie się zgłoszonego harmonogramu należy do jednych z podstawowych zasad związanych z realizacją projektów dofinansowanych z unijnych grantów.

Konsekwencje są różne -od obniżenia rekomendowanej do wypłaty kwoty aż po rozwiązanie umowy lub zwrot wypłaconej dotacji z ustawowymi odsetkami. W niektórych przypadkach rozwiązanie umowy powoduje ponadto niemożność otrzymania przez beneficjenta dofinansowania ze środków programu przez okres trzech lat. Dzieje się tak m.in., jeżeli przedsiębiorca zwleka z rozpoczęciem realizacji projektu (przez okres dłuższy niż dwa miesiące), zaprzestaje jego realizacji, odmawia poddania się kontroli lub przedstawia fałszywe lub niepełne dokumenty.

To jednak zdarza się, na szczęście, dosyć rzadko. Przeważnie kontrolerzy z RIF wskazują uchybienia i dają przedsiębiorcom czas na ich wyeliminowanie. Chodzi np. o uzupełnienie dokumentacji - przysłanie brakujących faktur. Jeżeli firma tego nie uczyni, dane działanie zostanie uznane za niekwalifikowane i przyznane dofinansowanie będzie pomniejszone o odpowiednią kwotę pieniędzy.