Również organy podatkowe zwracają uwagę na prawidłowość przeprowadzonej kompensaty. W przypadku podatników, których magazyny skrywają tysiące rodzajów towarów, przeprowadzanie kompensat w ramach poszczególnych grup towarów podobnych może być bardzo pracochłonne czy wręcz niemożliwe.
Niemniej przeprowadzenie ogólnej kompensaty niedoborów z nadwyżkami, bez uwzględniania opisanych w tekście powyżej zasad, i uwzględnienie odpowiednio w przychodach/kosztach podatkowych wyniku na takiej operacji może prowadzić do uznania przez organy podatkowe, że nastąpiło zaniżenie przez podatnika przychodu opodatkowanego CIT.
Na zidentyfikowane w toku inwentaryzacji, mieszczące się w granicach norm i limitów ubytki naturalne, które powinny być określone w instrukcji inwentaryzacyjnej jednostki, należy wystawić odpowiednie dokumenty magazynowe i niedoborami takimi obciążać koszty rodzajowe jednostki.
Inne niezawinione niedobory i nadwyżki inwentaryzacyjne ewidencjonujemy odpowiednio jako pozostałe koszty operacyjne i pozostałe przychody operacyjne.
Ujęcie niedoborów zawinionych zależy od tego, czy są one bezsporne, czyli osoba odpowiedzialna materialnie wyraża zgodę na ich pokrycie, czy sporne – kwestionowane przez osobę materialnie odpowiedzialną. W obu przypadkach firma wykazuje wartość takiego niedoboru jako rozrachunki z pracownikami, z tym zastrzeżeniem że należności sporne również trzeba objąć odpisem aktualizującym.
