Jak podniósł Trybunał Konstytucyjny, mimo wysiłków twórców konstytucji nie udało się dokonać tak jednoznacznego rozdziału kompetencji między obydwa segmenty władzy wykonawczej, aby wykluczyć możliwość sporu. Spory występują mimo wyeliminowania z porządku konstytucyjnego regulacji obowiązujących w latach 1989–1997, które były najpoważniejszym źródłem napięć i konfliktów.
Konstytucja RP określa zasady i podstawy prawne zadań, funkcji, kompetencji, reguł współpracy i ściśle uzależnionego współdziałania organów państwa. Trzeba także uwzględniać reguły nieunormowane w niej expressis verbis, które są istotą rządzenia państwem. Niepisane zasady i reguły mogą mieć charakter zwyczajów konstytucyjnych, utrwalonej praktyki czy być pochodną kanonów kultury prawnej, zwłaszcza konstytucyjnej. Potrzeba uwzględniania zarówno reguł wyrażonych w konstytucji, jak i wynikających z innych porządków wiąże się z tym, że kompetencje organów mogą się krzyżować, a środki służące ich realizacji pozostają różne. Zadania przypisane dwóm (lub więcej) organom mogą być określone pojęciem jednobrzmiącym, niemniej ich rzeczywista treść zależy od funkcji ustrojowych danego organu, jego kompetencji oraz zakresu i rodzaju odpowiedzialności.