Zdefiniowanie profilu funkcjonalnego opiera się na analizie zaangażowania podmiotów w transakcję kontrolowaną, przy czym należy wziąć pod uwagę pełnione przez te podmioty funkcje, angażowane aktywa oraz stopień ryzyka każdej ze stron. Ważne jest, aby profil ten wiernie odzwierciedlał zdolność do zarządzania ryzykiem na płaszczyźnie organizacyjnej i finansowej. Nieodpowiednie określenie profilu funkcjonalnego może prowadzić do poważnego ryzyka w trakcie kontroli podatkowej, co potwierdza sprawa jednego z podatników rozpatrywana w orzecznictwie sądowym z 2023 r., o czym będzie mowa w dalszej części artykułu.