Samofakturowanie to wystawienie faktury przez nabywcę towaru lub usługobiorcę. Jeżeli mamy do czynienia z dwoma podmiotami (sprzedawcą i nabywcą), którzy posługują się na potrzeby transakcji polskimi numerami identyfikacji podatkowej, to wystawienie faktury zasadniczo powinno mieć miejsce w KSeF także wtedy, gdy strony chcą skorzystać z samofakturowania.
Sprzedawca musi w tym celu uprzednio nadać w systemie uprawnienie nabywcy w zakresie samofakturowania. Sprowadza się to w istocie do podania NIP tego nabywcy. Sam proces wystawienia e-faktury odbywa się w KSeF z poziomu „kontekstu” nabywcy. Dzięki uzyskanemu uprawnieniu może on sporządzać e-faktury z podaniem danych sprzedawcy (tego który nadał uprawnienie) jako „Podmiot1”.