Sprawa dotyczyła spółki, która wystąpiła o interpretację ustawy o CIT w zakresie kosztów. Konkretnie chodziło o możliwości zaliczenia do kosztów ze sprzedaży udziałów w spółce z o.o., przekształconej z komandytowej, kwot stanowiących procent udziału w wartości jej majątku. wycenionego na potrzeby przekształcenia. Sama uważała, że tak. Bo choć w świetle art. 23 ust. 1 pkt 38 ustawy o CIT nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków na objęcie lub nabycie udziałów albo wkładów w spółdzielni, udziałów (akcji) oraz papierów wartościowych, a także wydatków na nabycie tytułów uczestnictwa w funduszach kapitałowych. To jednak wydatki takie są kosztem z odpłatnego zbycia tych udziałów.
Spółka podkreśliła, że brak możliwości zaliczenia wartości majątku do kosztów prowadziłaby do podwójnego ponoszenia ciężaru podatkowego przez wspólnika. Raz bowiem zysk zostałby opodatkowany na poziomie wspólników, drugi raz wspólnicy ponieśliby zaś ciężar podatkowy w związku z niemożnością zaliczenia do kosztów realnie poniesionych wydatków.
Fiskus na taką wykładnię się nie zgodził. W interpretacji z czerwca 2022 roku zauważył, że przekształcenie spółki osobowej w kapitałową nie jest traktowane jak likwidacja pierwszej z nich i utworzenie nowej. W wyniku przekształcenia cały czas mamy bowiem do czynienia z tym samym podmiotem, który prowadzi działalność pod inna formą prawną. Samo przekształcenie jest także operacją, która jest neutralna podatkowo.
Po analizie przepisów dotyczących kosztów uznał zaś, że możliwość zaliczenia do nich wydatków na nabycie udziałów jest odroczona do momentu ich zbycia. Fiskus zaś nie dopatrzył się podstaw do przyjęcia, że w przypadku zbycia udziałów w spółce z o.o., objętych w wyniku przekształcenia komandytowej, można zaliczyć do kosztów procentowy udział w jej majątku. Koszty te należy określić w wysokości wartości odpowiadającej wydatkom poniesionym na objęcie za wkład pieniężny, w wysokości 50 zł, udziałów. Zdaniem urzędników wydatkiem na nabycie sprzedawanych udziałów w spółce z o.o. jest ich koszt historyczny, czyli ten, który został pierwotnie poniesiony na objęcie udziałów w spółce z o.o.