Podmioty działające w grupach kapitałowych rzadko decydują się na wybór metody marży transakcyjnej netto (TNMM) przy kalkulacji wynagrodzenia w transakcjach kontrolowanych. Znacznie częściej do samej kalkulacji wynagrodzenia wykorzystują metodę porównywalnej ceny niekontrolowanej oraz metodę koszt plus. Inaczej wygląda jednak wybór metody w przypadku weryfikacji cen transferowych podczas sporządzania analiz porównawczych. Wówczas najpowszechniej wybieraną metodą jest metoda TNMM, z uwagi na jej prostotę i możliwość wykorzystania łatwo dostępnych danych. Chociaż metoda ta jest powszechnie znana i często używana, jej zastosowanie w praktyce może jednak zaskoczyć i wiązać się z niespodziewanymi wcześniej trudnościami.