Wielu podatników pojęcie cen transferowych wiąże głównie z obowiązkiem sporządzania dokumentacji dla transakcji zawieranych pomiędzy podmiotami powiązanymi. W praktyce jednak zasada ceny rynkowej ma znacznie szersze zastosowanie i nie wiąże się wyłącznie z obowiązkowym raportowaniem takich transakcji, lecz także wpływa na inne kwestie podatkowe.
Jednym z obszarów, w którym znaczenie rynkowego charakteru transakcji jest szczególnie istotne, jest rozliczanie podatku u źródła. W dobie ekspansji zagranicznej przedsiębiorstw i zintensyfikowania transakcji międzynarodowych to zagadnienie jest szczególnie ważne. Organy coraz uważniej przyglądają się, czy wypłaty dokonywane na rzecz podmiotów zagranicznych, zwłaszcza powiązanych, są realizowane na warunkach rynkowych oraz czy mają realne uzasadnienie ekonomiczne.