Spółka wystąpiła o udzielenie interpretacji co do możliwości uzyskania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w terminie 25 dni. Uważała, że może domagać się przyśpieszonego zwrotu także wtedy, gdy faktura została zapłacona w drodze potrącenia wzajemnych wierzytelności.
W ocenie spółki warunek uznania faktury dokumentującej kwotę należności za zapłaconą w całości jest spełniony nie tylko w przypadku fizycznego przekazania środków pieniężnych, ale także wtedy, gdy zamiast faktycznej (rzeczowej, fizycznej) zapłaty należności pomiędzy podatnikiem i wystawcą faktury dochodzi do wzajemnego potrącenia wierzytelności, wskutek którego wygasa obowiązek zapłaty wynikający z transakcji udokumentowanej fakturą.