Warto przeanalizować ewentualne skutki zmian w czynnościach sprawdzających. To odformalizowana procedura, która może polegać np. na wezwaniu podatnika do złożenia wyjaśnień odnośnie do deklaracji lub na prośbie przesłania kopii dokumentów, z których wynika ulga. W postępowaniu tym nie obowiązują wszystkie gwarancje procesowe strony. Nie jest formalnie wszczynane ani kończone, nie ma warunku dokumentowania jego przebiegu na piśmie, nie stosuje się obowiązujących organy terminów na załatwienia sprawy etc.
Zdaniem ustawodawcy nie było potrzeby gwarantowania takiej ochrony, gdyż kompetencje organów miały być niewielkie. W praktyce jednak, poprzez umożliwienie „ustalania stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami", umożliwiono prowadzenie pełnego postępowania dowodowego.
Nowelizacja ma też umożliwić organom nakładanie kar porządkowych za niezgłaszanie się na wezwanie, za nieokazanie dokumentów i posiadanego majątku w celu dokonania oględzin.
Dotychczas nie mogły podatnika zmusić do przedstawienia dokumentacji. Jedyną konsekwencją mogła być treść późniejszej decyzji, wydanej na podstawie dostępnego materiału dowodowego. To samo będzie groziło kontrahentom podatnika prowadzącym działalność gospodarczą, którzy odmówią okazania dokumentów.
W praktyce nowelizacja doprowadzi do wymuszania na podatnikach oraz ich kontrahentach dowodów za pomocą kar, w ramach procedury, która nie daje wszystkich gwarancji procesowych i jest wykorzystywana szerzej, niż chciał ustawodawca.
