NSA oddalił 26 lutego 2013 r. skargę kasacyjną ministra finansów, który domagał się uznania, że przedsiębiorca zagraniczny prowadzący w Polsce oddział nie ma prawa do odliczania VAT od wydatków ponoszonych przez oddział w związku z czynnościami wykonywanymi na rzecz swojej centrali (I FSK 493/12 ).
Wyrok NSA jest precedensowym rozstrzygnięciem, które ma istotne znaczenie dla wszystkich przedsiębiorców prowadzących działalność w Polsce za pośrednictwem swoich oddziałów lub zarejestrowanych w Polsce dla celów VAT.
W praktyce oddziały są tworzone dla celów świadczenia usług niematerialnych (usługi inżynieryjne, badawczo-rozwojowe), wdrażania dużych projektów inwestycyjnych czy wykonywania określonych czynności dla podmiotów z grupy kapitałowej (np. obsługa roszczeń gwarancyjnych, serwis producencki). W każdym z tych przypadków oddziały z reguły ponoszą koszty towarów i usług nabywanych w kraju, a związanych z działalnością prowadzoną przez jednostki centralne za granicą.
Biorąc pod uwagę zasady unijnego systemu VAT, można łatwo wykazać związek między zakupami realizowanymi przez oddział w kraju a działalnością gospodarczą wykonywaną przez jednostkę centralną za granicą. Taki związek powinien być wystarczającą przesłanką uznania, że VAT od zakupu towarów i usług w Polsce podlega odliczeniu.
Tymczasem organy podatkowe od pewnego czasu stosują skrajnie niekorzystną interpretację przepisów. Podkreślają, że oddział i jednostka centralna to ten sam podmiot prawny (oddział nie ma odrębnej osobowości prawnej ani podatkowej).
