Problem refakturowania usług w kontekście prawidłowego ustalenia momentu wykonania takich usług oraz momentu powstania obowiązku podatkowego budził wątpliwości już na gruncie ustawy z 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym.
Nowa ustawa o VAT również nie rozwiązała tych wątpliwości. Zasadniczo bowiem do kwietnia 2011 r. brak było jakichkolwiek przepisów regulujących tę kwestię.
Z punktu widzenia podatników, najbardziej praktycznym rozwiązaniem byłoby przyjęcie, że wykonanie refakturowanej usługi następuje dopiero z chwilą wystawienia refaktury. Co do zasady bowiem, faktura za usługi będące przed- miotem refakturowania wpływa do nabywcy jakiś czas po wykonaniu usługi. Ponadto, na- bywca może mieć problem z ustaleniem, kiedy usługa została wykonana (np. kiedy faktycznie nastąpiło zakończenie transportu towarów). Niejednokrotnie również nabywca usług oraz ich faktyczny beneficjent podejmują decyzję w sprawie obciążenia tego beneficjenta kosztami nabycia usługi już po jej wykonaniu.
Przyjęcie stanowiska prezentowanego przez izbę oznaczałoby w wielu przypadkach konieczność dokonywania korekt deklaracji VAT za okresy przeszłe. W sytuacji gdy refakturowanie dotyczyłoby usług opodatkowanych w kraju, taka korekta niejednokrotnie prowadziłaby do powstania zaległości podatkowej w VAT i konieczności zapłaty odsetek przez podatnika.
Wydawać by się mogło, że wątpliwy temat odnośnie do określenia momentu wykonania refakturowanych usług stał się nieaktualny z dniem 1 kwietnia 2011 r., tj. z chwilą wejścia w życie przepisu, zgodnie z którym, jeżeli podatnik, działając we własnym imieniu, ale na rzecz osoby trzeciej, bierze udział w świadczeniu usług, przyjmuje się, że ten podatnik sam otrzymał i wyświadczył tę usługę. Wynika z niego, że obciążenie kosztami nabycia usług, których beneficjentem jest inny podmiot niż ich nabywca, stanowi zwykłą sprzedaż.
Sprzedaż ta musi być w każdym przypadku poprzedzona nabyciem, które jest odrębną transakcją i nie powinna stanowić wyznacznika dla określenia momentu wykonania usługi przez odsprzedającego. Istnieją zatem argumenty, aby twierdzić, że momentem wykonania refakturowanej usługi transportowej nie jest faktyczny moment zakończenia transportu, lecz data wystawienia faktury.