Konstytutywną zasadą VAT jest możliwość odliczenia podatku naliczonego, w przypadku gdy sprzedaż podlega opodatkowaniu. Jeżeli sprzedaż jest z opodatkowania zwolniona, co do zasady, odliczenie to nie przysługuje. Te podstawowe zasady ulegają jednak załamaniu w przypadku niezgodności przepisów krajowych z nadrzędnymi wobec nich regulacjami unijnymi.
Przepisy stosowane bezpośrednio
W wyroku z 18 stycznia 2001 r. w sprawie Stockholm Lindöpark AB (C-150/99) Europejski Trybunał Sprawiedliwości wyraźnie potwierdził, że prawo do odliczenia VAT naliczonego uregulowane w art. 17 ust. 2 VI Dyrektywy (art. 168 obecnie obowiązującej dyrektywy VAT) jest przepisem o zastosowaniu bezpośrednim. Tym samym we wszystkich przypadkach, gdy dane państwo członkowskie ogranicza prawo do odliczenia w sposób niewynikający bezpośrednio z dyrektywy, podatnicy mogą powoływać się wprost na obecny art. 168 dyrektywy VAT, aby skutecznie uzasadnić swoje prawo do odliczenia.
Jeśli więc dane państwo członkowskie odebrało podatnikowi prawo do odliczenia w sposób sprzeczny z dyrektywą, to uprawnia to tego podatnika do powołania się na przepisy dyrektywy i odliczenia VAT na tej podstawie. Z wyroku ETS wynika, że dotyczy to nie tylko bezpośredniego ograniczenia lub wyeliminowania prawa do odliczenia, ale także niesłusznego zwolnienia z VAT. Ono również pozbawia podatnika prawa do odliczenia VAT (obowiązuje bowiem ogólna reguła, że nie można obniżyć podatku należnego o VAT naliczony związany ze sprzedażą zwolnioną).
Zaniedbania fiskusa
Wynikające z orzeczenia ETS prawo do odliczenia VAT naliczonego związanego z zakupami nie oznacza obowiązku wykazania podatku należnego ze sprzedaży, która została zwolniona z opodatkowania niesłusznie. Obowiązek prawidłowej implementacji przepisów dyrektywy ciąży bowiem na państwach członkowskich. Wprowadzenie zwolnienia, gdy nie jest ono przewidziane w dyrektywie, jest zatem poważnym naruszeniem prawa wspólnotowego, które daje podstawy do odpowiedzialności odszkodowawczej danego kraju.
Dlatego o ile podatnik może powoływać się wprost na dyrektywę i na tej podstawie korzystać z prawa do odliczenia, o tyle aparat administracyjny państwa nie ma już takiego uprawnienia. Opodatkowania nie można bowiem domniemywać i żaden kraj członkowski nie może nakładać opodatkowania z ominięciem wprowadzonych przez siebie regulacji krajowych, bazując wprost na dyrektywie. Zaniedbanie państwa w tym zakresie nie może bowiem obracać się przeciw podatnikowi.