Tak orzekł NSA 9 sierpnia 2012 r. (I FSK 1642/11).
Spółka prowadzi działalność w zakresie dystrybucji produktów spożywczych przeznaczonych do żywienia zwierząt hodowlanych. W odniesieniu do niektórych z produktów posiada opinie klasyfikacyjne organów statystycznych zaliczające te preparaty do grupowań innych niż PKWiU 15.7 "Pasza dla zwierząt". Spółka zapytała, czy ma prawo stosować do sprzedaży wszystkich preparatów paszowych obniżoną stawkę VAT. W odpowiedzi organ stwierdził, że wysokość stawki jest zależna od klasyfikacji PKWiU.
Spółka nie zgodziła się z oceną organu i złożyła skargę do WSA w Warszawie. W zarzutach skargi podniosła nieprawidłową implementację art. 98 dyrektywy 112 poprzez uzależnienie stawki opodatkowania VAT od klasyfikacji PKWiU. Zgodnie z zasadą bezpośredniego skutku oraz prymatu prawa unijnego spółka miała prawo stosować stawkę 3 proc. od 1 maja 2004 r. do 31 grudnia 2010 r., a od 1 stycznia 2011 r. stawkę VAT w wysokości 7 proc. przy sprzedaży preparatów paszowych. WSA w Warszawie oddalił skargę spółki. Stwierdził, że wprowadzenie obniżonej stawki VAT było fakultatywne i do decyzji państwa członkowskiego należało również, czy wszystkie produkty z danej kategorii zostaną objęte obniżoną stawką, czy też nie.
Spółka odwołała się w trybie skargi kasacyjnej do NSA. Podczas rozprawy pełnomocnik spółki wystąpił z wnioskiem o skierowanie pytania prejudycjalnego do Trybunału Sprawiedliwości UE w zakresie stwierdzenia zgodności polskich przepisów z art. 98 dyrektywy 112. NSA oddalił skargę kasacyjną. Uzasadniając rozstrzygnięcie, powołał się na wyrok TSUE z 16 maja 2010 r. (C–94/09), w którym potwierdzono, że wybranie niektórych produktów i zróżnicowanie stawek podatkowych z określonej kategorii nie jest sprzeczne z art. 98 dyrektywy 112 pod warunkiem, że nie narusza zasady neutralności podatkowej. Podkreślił jednak, że w niniejszej sprawie to ograniczenie nie ma zastosowania.
—Monika Kamińska