Zezwolenie strefowe wskazuje zwykle konkretne warunki, które przedsiębiorca musi spełnić, aby móc skorzystać ze zwolnienia. Zgodnie z art. 16 ustawy o SSE zaliczają się do nich np.: poniesienie wymaganej wielkości nakładów, zatrudnianie określonej liczby pracowników przez określony czas, zakończenie inwestycji w danym terminie.
Ulga w podatku dochodowym wskutek rozpoczęcia działalności w SSE może być określona w dwojaki sposób. W przypadku korzystania ze zwolnienia podatkowego z tytułu nowej inwestycji ulga dotyczy określonej części poniesionych na tę inwestycję wydatków kwalifikowanych, czasami ograniczonych górnym limitem, które pomniejszają albo podstawę opodatkowania, albo sam podatek.
Przykładowo: może ona zostać określona jako 50 proc. poniesionych wydatków kwalifikowanych na daną inwestycję, nie więcej niż 100 mln zł. Alternatywnie, w razie korzystania ze zwolnienia podatkowego z tytułu tworzenia nowych miejsc pracy, ulga podatkowa dotyczy kosztów pracy określonej liczby pracowników w określonym czasie (np. koszt pracy 100 nowo zatrudnionych pracowników w ciągu 2 lat).
Przyznana przedsiębiorcy ulga podatkowa wynikająca z rozpoczęcia działalności w SSE, będąca pomocą publiczną, może być rozliczana w ciągu kilku lat, do czasu wygaśnięcia zezwolenia.
Niejasne regulacje
Przygotowując roczne sprawozdanie finansowe powstaje pytanie, jak tę pomoc odpowiednio odzwierciedlić w księgach. Czy i jak rozpoznać aktywa z tytułu odroczonego podatku dochodowego? Niestety, polskie przepisy regulujące tę materię są albo bardzo lakoniczne (ustawa o rachunkowości) albo dosyć złożone i mogą powodować wątpliwości interpretacyjne (KSR 2).
Do 2010 r. ani ustawa o rachunkowości , ani KSR 2 nie odnosiły się bezpośrednio do działalności w SSE, a kluczowe definicje w standardzie pomijały sytuację przedsiębiorstw strefowych (np. definicja premii inwestycyjnej nie obejmowała zwolnienia dochodu, czyli sytuacji z jaką mamy do czynienia w strefach).