Gdyby to założenie okazało się trafne, to oznaczałoby naruszenie przez Polskę art. 4 ust. 2 dyrektywy Rady 69/335/EWG z 17 lipca 1969 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału. Nie pozwala ona bowiem na ponowne wprowadzenie przez Polskę podatku kapitałowego od czynności, jeśli wcześniej zaniechano jego pobierania. Byłby to cenny argument dla podatnika, który chce odzyskać nienależnie pobrany przez płatnika podatek.
Najłatwiej wyjaśnić ten problem na przykładzie. Załóżmy, że spółka kapitałowa wnosi do spółki komandytowo-akcyjnej wkład niepieniężny, np. nieruchomość. Spółka kapitałowa opodatkowuje wniesienie wkładu niepieniężnego VAT. Czynność zostaje dokonana w formie aktu notarialnego, a notariusz jako płatnik pobiera i odprowadza do właściwego urzędu skarbowego PCC.
Pojawia się wtedy pytanie: czy aby na pewno przed nowelizacją, która weszła w życie 22 kwietnia 2010 r., jak i po niej, wniesienie wkładu niepieniężnego do spółki komandytowo-akcyjnej powinno być opodatkowane PCC?
Wniesienie aportu po zmianie umowy
Z analizy orzecznictwa sądów administracyjnych, które rozstrzygały takie kwestie, a także interpretacji organów podatkowych wynika, że w razie wniesienia przez spółkę kapitałową wkładu niepieniężnego do spółki osobowej bądź innej spółki kapitałowej zasadniczą rolę odgrywa rozróżnienie czynności zawarcia bądź zmiany umowy spółki (aktu założycielskiego) od czynności wniesienia aportu do spółki.
Takie stanowisko potwierdzają m.in. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z 25 sierpnia 2010 r. (III SA/Po 374/10), Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 12 stycznia 2010 r. (II FSK 1266/08), WSA w Warszawie w wyroku z 12 grudnia 2008 r. (III SA/Wa 921/08), WSA w Gliwicach w wyroku z 4 kwietnia 2007 r. (I SA/Gl 113/07), Izba Skarbowa w Katowicach w interpretacjach z: 4 listopada 2011 r. (IBPBII/ 1/436-354/11/AA), 23 marca 2010 r. (IPPB2/436-534/09-2/AF) oraz 19 marca 2010 r. (IPP-B2/436-523/09-3/AF).